bp_bin/scores_to_dec

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2010 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 # Convert ASCII encoded quality scores in stream to a semi-colon seperated string of decimal values.
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31
  32 require 'maasha/biopieces'
  33
  34 ILLUMINA_BASE = 64
  35
  36 # Expading class Hash with possibly evil monkey patch.
  37 class Hash
  38   # Method to convert scores from ASCII encode string to
  39   # a semi-colon seperated string of decimal values.
  40   def scores2dec!
  41     if self.has_key? :SCORES
  42       self[:SCORES].gsub! /./ do |score|
  43         score = (score.ord - ILLUMINA_BASE).to_s + ";"
  44       end
  45
  46       self[:SCORES].chomp! ";"
  47     end
  48
  49     self
  50   end
  51 end
  52
  53 options = Biopieces.options_parse(ARGV)
  54
  55 Biopieces.open(options[:stream_in], options[:stream_out]) do |input, output|
  56   input.each_record do |record|
  57     output.puts record.scores2dec!
  58   end
  59 end
  60
  61
  62 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  63
  64
  65 __END__