bp_bin/scores_to_dec

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2010 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 # Convert ASCII encoded quality scores in stream to a semi-colon seperated string of decimal values.
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31 require 'maasha/biopieces'
  32 require 'maasha/seq'
  33
  34 # Expading class Hash with possibly evil monkey patch.
  35 class Hash
  36   # Method to convert scores from ASCII encode string to
  37   # a semi-colon seperated string of decimal values.
  38   def scores2dec!
  39     if self.has_key? :SCORES
  40       self[:SCORES].gsub! /./ do |score|
  41         score = (score.ord - Seq::SCORE_BASE).to_s + ";"
  42       end
  43
  44       self[:SCORES].chomp! ";"
  45     end
  46
  47     self
  48   end
  49 end
  50
  51 options = Biopieces.options_parse(ARGV)
  52
  53 Biopieces.open(options[:stream_in], options[:stream_out]) do |input, output|
  54   input.each_record do |record|
  55     output.puts record.scores2dec!
  56   end
  57 end
  58
  59
  60 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  61
  62
  63 __END__