bp_bin/rescan_seq

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Scan sequences in the stream for restriction enzyme cleavage sites.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Data::Dumper;
  32 use Maasha::RestrictEnz;
  33 use Maasha::Biopieces;
  34 use Maasha::Patscan;
  35
  36
  37 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  38
  39
  40 my ( $options, $in, $out, $record, $re_data, $re, $matches, $match, %re_hash, $res_enz, $new_record );
  41
  42 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  43     [
  44         { long => 'res_enz',      short => 'r', type => 'list',  mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  45         { long => 'res_enz_in',   short => 'R', type => 'file!', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  46         { long => 'res_enz_only', short => 'o', type => 'flag',  mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  47         { long => 'no_matches',   short => 'M', type => 'flag',  mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  48     ]
  49 );
  50
  51 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  52 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  53
  54 $re_data = Maasha::RestrictEnz::parse_re_data();
  55
  56 if ( $options->{ 'res_enz_in' } ) {
  57     $res_enz = Maasha::Patscan::read_patterns( $options->{ "res_enz_in" } );
  58 }
  59
  60 push @{ $res_enz }, @{ $options->{ 'res_enz' } } if defined $options->{ 'res_enz' };
  61
  62 map { $re_hash{ $_ } = 1 } @{ $res_enz };
  63
  64 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  65 {
  66     if ( $record->{ 'SEQ' } )
  67     {
  68         foreach $re ( @{ $re_data } )
  69         {
  70             next if not exists $re_hash{ $re->{ 'name' } };
  71
  72             $matches = Maasha::RestrictEnz::re_scan( $record->{ 'SEQ' }, $re );
  73
  74             %{ $new_record }              = %{ $record } if not $options->{ 'res_enz_only' };
  75             $new_record->{ 'RE' }         = $re->{ 'name' };
  76             $new_record->{ 'RE_COUNT' }   = scalar @{ $matches };
  77             $new_record->{ 'RE_MATCHES' } = join( ";", @{ $matches } ) if not $options->{ 'no_matches' };
  78
  79             Maasha::Biopieces::put_record( $new_record, $out );
  80         }
  81     }
  82
  83     # Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  84 }
  85
  86 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  87 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  88
  89
  90 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  91
  92
  93 BEGIN
  94 {
  95     Maasha::Biopieces::status_set();
  96 }
  97
  98
  99 END
 100 {
 101     Maasha::Biopieces::status_log();
 102 }
 103
 104
 105 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 106
 107
 108 __END__