bp_bin/replace_vals

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2011 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 # Replace values to a specied key for each record in the stream.
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31 require 'maasha/biopieces'
  32
  33 casts = []
  34 casts << {:long=>'key',         :short=>'k', :type=>'string', :mandatory=>true,  :default=>nil,   :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  35 casts << {:long=>'search',      :short=>'s', :type=>'string', :mandatory=>false, :default=>nil,   :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  36 casts << {:long=>'replace',     :short=>'r', :type=>'string', :mandatory=>false, :default=>nil,   :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  37 casts << {:long=>'file',        :short=>'f', :type=>'file!',  :mandatory=>false, :default=>nil,   :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  38 casts << {:long=>'search_col',  :short=>'S', :type=>'uint',   :mandatory=>false, :default=>1,     :allowed=>nil, :disallowed=>"0"}
  39 casts << {:long=>'replace_col', :short=>'R', :type=>'uint',   :mandatory=>false, :default=>2,     :allowed=>nil, :disallowed=>"0"}
  40 casts << {:long=>'delimiter',   :short=>'d', :type=>'string', :mandatory=>false, :default=>'\s+', :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  41
  42 options   = Biopieces.options_parse(ARGV, casts)
  43 key       = options[:key].to_sym
  44 delimiter = Regexp.new(options[:delimiter])
  45
  46 raise ArgumentError, "both --search and --replace must be specified" if options[:search]  and not options[:replace]
  47 raise ArgumentError, "both --search and --replace must be specified" if options[:replace] and not options[:search]
  48
  49 replace_hash = {}
  50
  51 if options[:search]
  52   replace_hash[options[:search].to_s] = options[:replace].to_s
  53 end
  54
  55 if options[:file]
  56   File.open(options[:file], "r") do |ios|
  57     ios.each_line do |line|
  58       unless line[0] == '#'
  59         fields = line.chomp.split(delimiter)
  60         k      = fields[options[:search_col] - 1]
  61         v      = fields[options[:replace_col] - 1]
  62
  63         raise RuntimeError, "duplicate key: #{k} found in file" if replace_hash[k]
  64
  65         replace_hash[k] = v
  66       end
  67     end
  68   end
  69 end
  70
  71 Biopieces.open(options[:stream_in], options[:stream_out]) do |input, output|
  72   input.each_record do |record|
  73     if record[key]
  74       if replace_hash[record[key]]
  75         record[key] = replace_hash[record[key]]
  76       end
  77     end
  78
  79     output.puts record
  80   end
  81 end
  82
  83 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  84
  85
  86 __END__