bp_bin/remove_ucsc_tracks

   1 #!/usr/bin/env perl -w
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Remove MySQL database tables.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use strict;
  30 use Maasha::Biopieces;
  31 use Maasha::Common;
  32 use Maasha::SQL;
  33 use Maasha::UCSC;
  34
  35
  36 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  37
  38
  39 my ( $run_time_beg, $run_time_end, $options, $in, $out, $record, $conf_file, %track_hash, $fh_in, $fh_out, $track, @tracks, $dbh, @new_tracks );
  40
  41 $conf_file = $ENV{ 'HOME' } . "/ucsc/my_tracks.ra";
  42
  43 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  44     [
  45         { long => 'database',    short => 'd', type => 'string', mandatory => 'yes', default => undef,      allowed => undef, disallowed => undef },
  46         { long => 'tables',      short => 't', type => 'list',   mandatory => 'no',  default => undef,      allowed => undef, disallowed => undef },
  47         { long => 'keys',        short => 'k', type => 'list',   mandatory => 'no',  default => undef,      allowed => undef, disallowed => undef },
  48         { long => 'config_file', short => 'c', type => 'file!',  mandatory => 'no',  default => $conf_file, allowed => undef, disallowed => undef },
  49         { long => 'user',        short => 'u', type => 'string', mandatory => 'no',  default => undef,      allowed => undef, disallowed => undef },
  50         { long => 'password',    short => 'p', type => 'string', mandatory => 'no',  default => undef,      allowed => undef, disallowed => undef },
  51     ]
  52 );
  53
  54 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  55 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  56
  57 Maasha::Common::error( qq(both --tables and --keys specified) ) if     $options->{ "tables" } and     $options->{ "keys" };
  58 Maasha::Common::error( qq(no --tables or --keys specified) )    if not $options->{ "tables" } and not $options->{ "keys" };
  59
  60 $options->{ "user" }     ||= Maasha::UCSC::ucsc_get_user();
  61 $options->{ "password" } ||= Maasha::UCSC::ucsc_get_password();
  62
  63 map { $track_hash{ $_ } = 1 } @{ $options->{ 'tracks' } };
  64
  65 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  66 {
  67     map { $track_hash{ $record->{ $_ } } = 1 } @{ $options->{ 'keys' } };
  68
  69     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out ) if not $options->{ 'no_stream' };
  70 }
  71
  72 $fh_in = Maasha::Filesys::file_read_open( $options->{ 'config_file' } );
  73
  74 while ( $track = Maasha::UCSC::ucsc_config_entry_get( $fh_in ) ) {
  75     push @tracks, $track;
  76 }
  77
  78 close $fh_in;
  79
  80 foreach $track ( @tracks )
  81 {
  82     if ( $track->{ 'database' } eq $options->{ 'database' } and exists $track_hash{ $track->{ 'track' } } ) {
  83         print STDERR qq(Removing track "$track->{ 'track' }" from config file.\n) if $options->{ 'verbose' };
  84     } else {
  85         push @new_tracks, $track;
  86     }
  87 }
  88
  89 rename "$options->{ 'config_file' }", "$options->{ 'config_file' }~";
  90
  91 $fh_out = Maasha::Filesys::file_write_open( $options->{ 'config_file' } );
  92
  93 map { Maasha::UCSC::ucsc_config_entry_put( $_, $fh_out ) } @new_tracks;
  94
  95 close $fh_out;
  96
  97 # ---- locate track in database ----
  98
  99 $dbh = Maasha::SQL::connect( $options->{ "database" }, $options->{ "user" }, $options->{ "password" } );
 100
 101 foreach $track ( sort keys %track_hash )
 102 {
 103     if ( Maasha::SQL::table_exists( $dbh, $track ) )
 104     {
 105         print STDERR qq(Removing table "$track" from database "$options->{ 'database' }" ... ) if $options->{ 'verbose' };
 106         Maasha::SQL::delete_table( $dbh, $track );
 107         print STDERR "done.\n" if $options->{ 'verbose' };
 108     }
 109     else
 110     {
 111         print STDERR qq(WARNING: table "$track" not found in database "$options->{ 'database' }\n");
 112     }
 113 }
 114
 115 Maasha::SQL::disconnect( $dbh );
 116
 117 Maasha::Common::run( "ucscMakeTracks.pl", "-b > /dev/null 2>&1" );
 118
 119
 120 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 121
 122
 123 BEGIN
 124 {
 125     $run_time_beg = Maasha::Biopieces::run_time();
 126
 127     Maasha::Biopieces::log_biopiece();
 128 }
 129
 130
 131 END
 132 {
 133     Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
 134     Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
 135
 136     $run_time_end = Maasha::Biopieces::run_time();
 137
 138     Maasha::Biopieces::run_time_print( $run_time_beg, $run_time_end, $options );
 139 }
 140
 141
 142 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 143
 144
 145 __END__
 146