bp_bin/remove_ucsc_tracks

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Remove MySQL database tables.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Maasha::Biopieces;
  32 use Maasha::Common;
  33 use Maasha::SQL;
  34 use Maasha::UCSC;
  35
  36
  37 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  38
  39
  40 my ( $options, $in, $out, $record, $conf_file, %track_hash, $fh_in, $fh_out, $track, @tracks, $dbh, @new_tracks );
  41
  42 $conf_file = $ENV{ 'HOME' } . "/ucsc/my_tracks.ra";
  43
  44 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  45     [
  46         { long => 'database',    short => 'd', type => 'string', mandatory => 'yes', default => undef,      allowed => undef, disallowed => undef },
  47         { long => 'tables',      short => 't', type => 'list',   mandatory => 'no',  default => undef,      allowed => undef, disallowed => undef },
  48         { long => 'keys',        short => 'k', type => 'list',   mandatory => 'no',  default => undef,      allowed => undef, disallowed => undef },
  49         { long => 'config_file', short => 'c', type => 'file!',  mandatory => 'no',  default => $conf_file, allowed => undef, disallowed => undef },
  50         { long => 'user',        short => 'u', type => 'string', mandatory => 'no',  default => undef,      allowed => undef, disallowed => undef },
  51         { long => 'password',    short => 'p', type => 'string', mandatory => 'no',  default => undef,      allowed => undef, disallowed => undef },
  52     ]
  53 );
  54
  55 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  56 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  57
  58 Maasha::Common::error( qq(both --tables and --keys specified) ) if     $options->{ "tables" } and     $options->{ "keys" };
  59 Maasha::Common::error( qq(no --tables or --keys specified) )    if not $options->{ "tables" } and not $options->{ "keys" };
  60
  61 $options->{ "user" }     ||= Maasha::UCSC::ucsc_get_user();
  62 $options->{ "password" } ||= Maasha::UCSC::ucsc_get_password();
  63
  64 map { $track_hash{ $_ } = 1 } @{ $options->{ 'tracks' } };
  65
  66 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  67 {
  68     map { $track_hash{ $record->{ $_ } } = 1 } @{ $options->{ 'keys' } };
  69
  70     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out ) if not $options->{ 'no_stream' };
  71 }
  72
  73 $fh_in = Maasha::Filesys::file_read_open( $options->{ 'config_file' } );
  74
  75 while ( $track = Maasha::UCSC::ucsc_config_entry_get( $fh_in ) ) {
  76     push @tracks, $track;
  77 }
  78
  79 close $fh_in;
  80
  81 foreach $track ( @tracks )
  82 {
  83     if ( $track->{ 'database' } eq $options->{ 'database' } and exists $track_hash{ $track->{ 'track' } } ) {
  84         print STDERR qq(Removing track "$track->{ 'track' }" from config file.\n) if $options->{ 'verbose' };
  85     } else {
  86         push @new_tracks, $track;
  87     }
  88 }
  89
  90 rename "$options->{ 'config_file' }", "$options->{ 'config_file' }~";
  91
  92 $fh_out = Maasha::Filesys::file_write_open( $options->{ 'config_file' } );
  93
  94 map { Maasha::UCSC::ucsc_config_entry_put( $_, $fh_out ) } @new_tracks;
  95
  96 close $fh_out;
  97
  98 # ---- locate track in database ----
  99
 100 $dbh = Maasha::SQL::connect( $options->{ "database" }, $options->{ "user" }, $options->{ "password" } );
 101
 102 foreach $track ( sort keys %track_hash )
 103 {
 104     if ( Maasha::SQL::table_exists( $dbh, $track ) )
 105     {
 106         print STDERR qq(Removing table "$track" from database "$options->{ 'database' }" ... ) if $options->{ 'verbose' };
 107         Maasha::SQL::delete_table( $dbh, $track );
 108         print STDERR "done.\n" if $options->{ 'verbose' };
 109     }
 110     else
 111     {
 112         print STDERR qq(WARNING: table "$track" not found in database "$options->{ 'database' }\n");
 113     }
 114 }
 115
 116 Maasha::SQL::disconnect( $dbh );
 117
 118 Maasha::Common::run( "ucscMakeTracks.pl", "-b > /dev/null 2>&1" );
 119
 120 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
 121 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
 122
 123
 124 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 125
 126
 127 BEGIN
 128 {
 129     Maasha::Biopieces::status_set();
 130 }
 131
 132
 133 END
 134 {
 135     Maasha::Biopieces::status_log();
 136 }
 137
 138
 139 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 140
 141
 142 __END__