bp_bin/remove_primers

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2011 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 # Remove primers from sequences in the stream.
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31
  32 require 'pp'
  33 require 'maasha/biopieces'
  34 require 'maasha/seq'
  35 require 'maasha/seq/backtrack'
  36
  37 include BackTrack
  38
  39 casts = []
  40 casts << {:long=>'forward',    :short=>'f', :type=>'string', :mandatory=>true,  :default=>nil, :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  41 casts << {:long=>'reverse',    :short=>'r', :type=>'string', :mandatory=>true,  :default=>nil, :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  42 casts << {:long=>'mismatches', :short=>'m', :type=>'uint',   :mandatory=>false, :default=>2,   :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  43 casts << {:long=>'insertions', :short=>'i', :type=>'uint',   :mandatory=>false, :default=>1,   :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  44 casts << {:long=>'deletions',  :short=>'d', :type=>'uint',   :mandatory=>false, :default=>1,   :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  45
  46 options = Biopieces.options_parse(ARGV, casts)
  47
  48 Biopieces.open(options[:stream_in], options[:stream_out]) do |input, output|
  49   input.each do |record|
  50     if record[:SEQ]
  51       forward = false
  52       reverse = false
  53       seq = Seq.new_bp(record)
  54
  55       seq.patscan(options[:forward].to_s,
  56                   max_mismatches: options[:mismatches],
  57                   max_insertions: options[:insertions],
  58                   max_deletions:  options[:deletions]) do |match|
  59         record[:FORWARD_POS] = match.pos
  60         record[:FORWARD_LEN] = match.length
  61         pos = match.pos + match.length
  62         len = seq.length - pos
  63         seq.subseq!(pos, len) if len > 0
  64         forward = true
  65         break
  66       end
  67
  68       seq.patscan(options[:reverse].to_s,
  69                   max_mismatches: options[:mismatches],
  70                   max_insertions: options[:insertions],
  71                   max_deletions:  options[:deletions]) do |match|
  72         record[:REVERSE_POS] = match.pos
  73         record[:REVERSE_LEN] = match.length
  74         pos = 0
  75         len = match.pos
  76
  77         if len == 0
  78           seq.seq  = ""
  79           seq.qual = "" if seq.qual
  80         else
  81           seq.subseq!(pos, len)
  82         end
  83
  84         reverse = true
  85         break
  86       end
  87
  88       if forward or reverse
  89         record.merge!(seq.to_bp)
  90       end
  91
  92       output.puts record
  93     else
  94       output.puts record
  95     end
  96   end
  97 end
  98
  99 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 100
 101 __END__