bp_bin/remove_mids

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2011 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 # Find and remove MID tags in sequences in the stream.
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31
  32 require 'maasha/biopieces'
  33 require 'pp'
  34
  35 MID_LEN = 10
  36
  37 mids = %w{ ACGAGTGCGT ACGCTCGACA AGACGCACTC AGCACTGTAG ATCAGACACG
  38            ATATCGCGAG CGTGTCTCTA CTCGCGTGTC TAGTATCAGC TCTCTATGCG
  39            TGATACGTCT TACTGAGCTA CATAGTAGTG CGAGAGATAC ATACGACGTA
  40            TCACGTACTA CGTCTAGTAC TCTACGTAGC TGTACTACTC ACGACTACAG
  41            CGTAGACTAG TACGAGTATG TACTCTCGTG TAGAGACGAG TCGTCGCTCG
  42            ACATACGCGT ACGCGAGTAT ACTACTATGT ACTGTACAGT AGACTATACT
  43            AGCGTCGTCT AGTACGCTAT ATAGAGTACT CACGCTACGT CAGTAGACGT
  44            CGACGTGACT TACACACACT TACACGTGAT TACAGATCGT TACGCTGTCT
  45            TAGTGTAGAT TCGATCACGT TCGCACTAGT TCTAGCGACT TCTATACTAT
  46            TGACGTATGT TGTGAGTAGT ACAGTATATA ACGCGATCGA ACTAGCAGTA
  47            AGCTCACGTA AGTATACATA AGTCGAGAGA AGTGCTACGA CGATCGTATA
  48            CGCAGTACGA CGCGTATACA CGTACAGTCA CGTACTCAGA CTACGCTCTA
  49            CTATAGCGTA TACGTCATCA TAGTCGCATA TATATATACA TATGCTAGTA
  50            TCACGCGAGA TCGATAGTGA TCGCTGCGTA TCTGACGTCA TGAGTCAGTA
  51            TGTAGTGTGA TGTCACACGA TGTCGTCGCA ACACATACGC ACAGTCGTGC
  52            ACATGACGAC ACGACAGCTC ACGTCTCATC ACTCATCTAC ACTCGCGCAC
  53            AGAGCGTCAC AGCGACTAGC AGTAGTGATC AGTGACACAC AGTGTATGTC
  54            ATAGATAGAC ATATAGTCGC ATCTACTGAC CACGTAGATC CACGTGTCGC
  55            CATACTCTAC CGACACTATC CGAGACGCGC CGTATGCGAC CGTCGATCTC
  56            CTACGACTGC CTAGTCACTC CTCTACGCTC CTGTACATAC TAGACTGCAC
  57            TAGCGCGCGC TAGCTCTATC TATAGACATC TATGATACGC TCACTCATAC
  58            TCATCGAGTC TCGAGCTCTC TCGCAGACAC TCTGTCTCGC TGAGTGACGC
  59            TGATGTGTAC TGCTATAGAC TGCTCGCTAC ACGTGCAGCG ACTCACAGAG
  60            AGACTCAGCG AGAGAGTGTG AGCTATCGCG AGTCTGACTG AGTGAGCTCG
  61            ATAGCTCTCG ATCACGTGCG ATCGTAGCAG ATCGTCTGTG ATGTACGATG
  62            ATGTGTCTAG CACACGATAG CACTCGCACG CAGACGTCTG CAGTACTGCG
  63            CGACAGCGAG CGATCTGTCG CGCGTGCTAG CGCTCGAGTG CGTGATGACG
  64            CTATGTACAG CTCGATATAG CTCGCACGCG CTGCGTCACG CTGTGCGTCG
  65            TAGCATACTG TATACATGTG TATCACTCAG TATCTGATAG TCGTGACATG
  66            TCTGATCGAG TGACATCTCG TGAGCTAGAG TGATAGAGCG TGCGTGTGCG
  67            TGCTAGTCAG TGTATCACAG TGTGCGCGTG ACACGACGAC ACACGTAGTA
  68            ACACTACTCG ACGACACGTA ACGAGTAGAC ACGCGTCTAG ACGTACACAC
  69            ACGTACTGTG ACGTAGATCG ACTACGTCTC ACTATACGAG ACTCGCGTCG
  70 }
  71
  72
  73 mid_hash = {}
  74
  75 mids.each_with_index do |mid, i|
  76   mid_hash[mid] = i
  77 end
  78
  79 casts = []
  80 casts << {:long=>'pos', :short=>'p', :type=>'uint', :mandatory=>false, :default=>0, :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  81
  82 options = Biopieces.options_parse(ARGV, casts)
  83
  84 pos = options[:pos]
  85
  86 Biopieces.open(options[:stream_in], options[:stream_out]) do |input, output|
  87   input.each_record do |record|
  88     if record.has_key? :SEQ
  89       tag = record[:SEQ][pos ... pos + MID_LEN].upcase
  90
  91       if mid_hash[tag]
  92         record[:SEQ]     = record[:SEQ][pos + MID_LEN ... record[:SEQ].length]
  93         record[:SCORES]  = record[:SCORES][pos + MID_LEN ... record[:SCORES].length] if record[:SCORES]
  94         record[:MID]     = tag
  95         record[:MID_NUM] = mid_hash[tag] + 1
  96         record[:SEQ_LEN] = record[:SEQ].length
  97       end
  98     end
  99
 100     output.puts record
 101   end
 102 end
 103
 104
 105 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 106
 107
 108 __END__