bp_bin/remove_keys

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Removes specified keys from records in stream.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Maasha::Biopieces;
  32
  33
  34 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  35
  36
  37 my ( $options, $in, $out, $record, $new_record );
  38
  39 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  40     [
  41         { long => 'keys',      short => 'k', type => 'list', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  42         { long => 'save_keys', short => 'K', type => 'list', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  43     ]
  44 );
  45
  46 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  47 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  48
  49 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  50 {
  51     if ( $options->{ "keys" } )
  52     {
  53         map { delete $record->{ $_ } } @{ $options->{ "keys" } };
  54     }
  55     elsif ( $options->{ "save_keys" } )
  56     {
  57         map { $new_record->{ $_ } = $record->{ $_ } if exists $record->{ $_ } } @{ $options->{ "save_keys" } };
  58
  59         $record = $new_record;
  60     }
  61
  62     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out ) if keys %{ $record };
  63 }
  64
  65 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  66 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  67
  68
  69 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  70
  71
  72 BEGIN
  73 {
  74     Maasha::Biopieces::status_set();
  75 }
  76
  77
  78 END
  79 {
  80     Maasha::Biopieces::status_log();
  81 }
  82
  83
  84 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  85
  86
  87 __END__