]> git.donarmstrong.com Git - biopieces.git/blob - bp_bin/remove_indels
fixed seq qual length check
[biopieces.git] / bp_bin / remove_indels
1 #!/usr/bin/env perl
2
3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
4
5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
8 # of the License, or (at your option) any later version.
9
10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
13 # GNU General Public License for more details.
14
15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
16 # along with this program; if not, write to the Free Software
17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
18
19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
20
21
22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
23
24 # Remove indels from sequences in the stream.
25
26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
27
28
29 use warnings;
30 use strict;
31 use Maasha::Biopieces;
32
33
34 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
35
36
37 my ( $options, $in, $out, $record );
38
39 $options = Maasha::Biopieces::parse_options();
40
41 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
42 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
43
44 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) ) 
45 {
46     $record->{ 'SEQ' }     =~ tr/-~.//d if $record->{ "SEQ" };
47     $record->{ 'SEQ_LEN' } = length $record->{ "SEQ" };
48
49     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
50 }
51
52 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
53 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
54
55
56 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
57
58
59 BEGIN
60 {
61     Maasha::Biopieces::status_set();
62 }
63
64
65 END
66 {
67     Maasha::Biopieces::status_log();
68 }
69
70
71 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
72
73
74 __END__