bp_bin/remove_indel_columns

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2011 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 # Remove columns with indels only from aligned sequences in the stream.
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31 require 'maasha/biopieces'
  32 require 'narray'
  33 require 'pp'
  34
  35 options      = Biopieces.options_parse(ARGV)
  36 tmpdir       = Biopieces.mktmpdir
  37 file_records = File.join(tmpdir, "data.stream")
  38 na_mask      = false
  39 count        = 0
  40
  41 Biopieces.open(options[:stream_in], file_records) do |input, output|
  42   input.each do |record|
  43     if record[:SEQ]
  44       na_mask = NArray.int(record[:SEQ].length) unless na_mask
  45       na_seq  = NArray.to_na(record[:SEQ], "byte")
  46       na_mask += na_seq.eq('-'.ord)
  47       na_mask += na_seq.eq('.'.ord)
  48       na_mask += na_seq.eq('_'.ord)
  49       na_mask += na_seq.eq('~'.ord)
  50
  51       count += 1
  52     end
  53
  54     output.puts record
  55   end
  56 end
  57
  58 na_mask = na_mask.ne count
  59
  60 sum = na_mask.sum
  61
  62 Biopieces.open(file_records, options[:stream_out]) do |input, output|
  63   input.each do |record|
  64     if sum > 0 and record[:SEQ]
  65       na_seq           = NArray.to_na(record[:SEQ], "byte")
  66       record[:SEQ]     = na_seq[na_mask].to_s
  67       record[:SEQ_LEN] = record[:SEQ].length
  68     end
  69
  70     output.puts record
  71   end
  72 end
  73
  74 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  75
  76
  77 __END__