bp_bin/remove_adaptor

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Locates and removes a specified adaptor sequence from sequences in stream.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Maasha::Biopieces;
  32 use Maasha::Common;
  33
  34
  35 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  36
  37
  38 my ( $options, $in, $out, $record, $adaptor, $seq, $adaptor_len,
  39      $seq_len, $offset, $max_match, $max_mismatch, $pos );
  40
  41 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  42     [
  43         { long => 'adaptor',    short => 'a', type => 'string', mandatory => 'yes', default => undef,   allowed => undef,               disallowed => undef },
  44         { long => 'mismatches', short => 'm', type => 'uint',   mandatory => 'no',  default => 0,       allowed => undef,               disallowed => undef },
  45         { long => 'offset',     short => 'o', type => 'uint',   mandatory => 'no',  default => 1,       allowed => undef,               disallowed => 0 },
  46         { long => 'remove',     short => 'r', type => 'string', mandatory => 'no',  default => 'after', allowed => 'before,after,skip', disallowed => undef },
  47     ]
  48 );
  49
  50 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  51 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  52
  53 $max_mismatch = $options->{ "mismatches" };
  54 $offset       = $options->{ "offset" };
  55
  56 if ( not defined $offset ) {
  57     $offset = 0;
  58 } else {
  59     $offset--;
  60 }
  61
  62 $adaptor     = uc $options->{ "adaptor" };
  63 $adaptor_len = length $adaptor;
  64
  65 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  66 {
  67     if ( $record->{ "SEQ" } )
  68     {
  69         $seq     = uc $record->{ "SEQ" };
  70         $seq_len = length $seq;
  71
  72         $pos = Maasha::Common::index_m( $seq, $adaptor, $seq_len, $adaptor_len, $offset, $max_mismatch );
  73
  74         $record->{ "ADAPTOR_POS" } = $pos;
  75
  76         if ( $pos >= 0 and $options->{ "remove" } ne "skip" )
  77         {
  78             if ( $options->{ "remove" } eq "after" )
  79             {
  80                 $record->{ "SEQ" }     = substr $record->{ "SEQ" },    0, $pos;
  81                 $record->{ "SCORES" }  = substr $record->{ "SCORES" }, 0, $pos if $record->{ "SCORES" };
  82                 $record->{ "SEQ_LEN" } = $pos;
  83             }
  84             else
  85             {
  86                 $record->{ "SEQ" }     = substr $record->{ "SEQ" },    $pos + $adaptor_len;
  87                 $record->{ "SCORES" }  = substr $record->{ "SCORES" }, $pos + $adaptor_len if $record->{ "SCORES" };
  88                 $record->{ "SEQ_LEN" } = length $record->{ "SEQ" };
  89             }
  90         }
  91
  92         Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  93     }
  94     else
  95     {
  96         Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  97     }
  98 }
  99
 100 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
 101 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
 102
 103
 104 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 105
 106
 107 BEGIN
 108 {
 109     Maasha::Biopieces::status_set();
 110 }
 111
 112
 113 END
 114 {
 115     Maasha::Biopieces::status_log();
 116 }
 117
 118
 119 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 120
 121
 122 __END__