bp_bin/read_tab

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Read tabular data.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Data::Dumper;
  32 use Maasha::Filesys;
  33 use Maasha::Biopieces;
  34
  35
  36 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  37
  38
  39 my ( $options, $in, $out, $record, $data_in, $num, $skip, $line, @fields, @fields2, $i );
  40
  41 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  42     [
  43         { long => 'data_in', short => 'i', type => 'files!', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  44         { long => 'delimit', short => 'd', type => 'string', mandatory => 'no', default => '\s+', allowed => undef, disallowed => undef },
  45         { long => 'cols',    short => 'c', type => 'list',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  46         { long => 'keys',    short => 'k', type => 'list',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  47         { long => 'skip',    short => 's', type => 'uint',   mandatory => 'no', default => '0',   allowed => undef, disallowed => undef },
  48         { long => 'num',     short => 'n', type => 'uint',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => '0' },
  49     ]
  50 );
  51
  52 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  53 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  54
  55 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) ) {
  56     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  57 }
  58
  59 if ( $options->{ 'data_in' } )
  60 {
  61     $data_in = Maasha::Filesys::files_read_open( $options->{ 'data_in' } );
  62
  63     $num  = 1;
  64     $skip = $options->{ 'skip' };
  65
  66     while ( $line = <$data_in> )
  67     {
  68         chomp $line;
  69
  70         if ( $skip )
  71         {
  72             $skip--;
  73             next;
  74         }
  75
  76         next if $line =~ /^$/;  # skip empty lines.
  77
  78         if ( $line =~ /^#.+/ and not defined $options->{ 'keys' } )
  79         {
  80             $line = substr $line, 1;
  81
  82             $options->{ 'keys' } = [ split /$options->{'delimit'}/, $line ];
  83
  84             next;
  85         }
  86
  87         undef $record;
  88         undef @fields2;
  89
  90         @fields = split /$options->{'delimit'}/, $line;
  91
  92         if ( $options->{ "cols" } ) {
  93             map { push @fields2, $fields[ $_ ] } @{ $options->{ "cols" } };
  94         } else {
  95             @fields2 = @fields;
  96         }
  97
  98         for ( $i = 0; $i < @fields2; $i++ )
  99         {
 100             if ( $options->{ "keys" }->[ $i ] ) {
 101                 $record->{ $options->{ "keys" }->[ $i ] } = $fields2[ $i ];
 102             } else {
 103                 $record->{ "V" . $i } = $fields2[ $i ];
 104             }
 105         }
 106
 107         Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
 108
 109         last if $options->{ "num" } and $num == $options->{ "num" };
 110
 111         $num++;
 112     }
 113
 114     close $data_in;
 115 }
 116
 117 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
 118 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
 119
 120
 121 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 122
 123
 124 BEGIN
 125 {
 126     Maasha::Biopieces::status_set();
 127 }
 128
 129
 130 END
 131 {
 132     Maasha::Biopieces::status_log();
 133 }
 134
 135
 136 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 137
 138
 139 __END__