bp_bin/read_stockholm

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Read Stockholm entries from one or more files.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Maasha::Biopieces;
  32 use Maasha::Filesys;
  33 use Maasha::Stockholm;
  34
  35
  36 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  37
  38
  39 my ( $options, $in, $out, $record, $num, $entry, $data_in, $record_anno, $key, $seq, $record_align );
  40
  41 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  42     [
  43         { long => 'data_in', short => 'i', type => 'files!', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  44         { long => 'num',     short => 'n', type => 'uint',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => '0' },
  45     ]
  46 );
  47
  48 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  49 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  50
  51 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) ) {
  52     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  53 }
  54
  55 if ( $options->{ 'data_in' } )
  56 {
  57     $data_in = Maasha::Filesys::files_read_open( $options->{ 'data_in' } );
  58
  59     $num = 1;
  60
  61     while ( $entry = Maasha::Stockholm::get_stockholm_entry( $data_in ) )
  62     {
  63         $record = Maasha::Stockholm::parse_stockholm_entry( $entry );
  64
  65         undef $record_anno;
  66
  67         foreach $key ( keys %{ $record->{ "GF" } } ) {
  68             $record_anno->{ $key } = $record->{ "GF" }->{ $key };
  69         }
  70
  71         $record_anno->{ "ALIGN" } = $num;
  72
  73         Maasha::Biopieces::put_record( $record_anno, $out );
  74
  75         foreach $seq ( @{ $record->{ "ALIGN" } } )
  76         {
  77             undef $record_align;
  78
  79             $record_align = {
  80                 SEQ_NAME  => $seq->[ 0 ],
  81                 SEQ       => $seq->[ 1 ],
  82             };
  83
  84             Maasha::Biopieces::put_record( $record_align, $out );
  85         }
  86
  87         goto NUM if $options->{ "num" } and $num == $options->{ "num" };
  88
  89         $num++;
  90     }
  91
  92     close $data_in;
  93 }
  94
  95 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  96 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  97
  98
  99 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 100
 101
 102 BEGIN
 103 {
 104     Maasha::Biopieces::status_set();
 105 }
 106
 107
 108 END
 109 {
 110     Maasha::Biopieces::status_log();
 111 }
 112
 113
 114 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 115
 116
 117 __END__