bp_bin/read_solid

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Read SOLID entries from one or more files.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Maasha::Biopieces;
  32 use Maasha::Filesys;
  33 use Maasha::Solid;
  34 use Maasha::Calc;
  35
  36
  37 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  38
  39
  40 my ( $options, $in, $out, $record, $data_in, $num, $entry, $i,
  41      $seq_name, $seq_cs, $line, $seq_qual, @scores, @seqs );
  42
  43 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  44     [
  45         { long => 'data_in', short => 'i', type => 'files!', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  46         { long => 'num',     short => 'n', type => 'uint',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => '0'   },
  47         { long => 'quality', short => 'q', type => 'uint',   mandatory => 'no', default => 20,    allowed => undef, disallowed => undef },
  48     ]
  49 );
  50
  51 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  52 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  53
  54 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) ) {
  55     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  56 }
  57
  58 if ( $options->{ 'data_in' } )
  59 {
  60     $data_in = Maasha::Filesys::files_read_open( $options->{ 'data_in' } );
  61
  62     $num = 1;
  63
  64     while ( $line = <$data_in> )
  65     {
  66         chomp $line;
  67
  68         ( $seq_name, $seq_cs, $seq_qual ) = split /\t/, $line;
  69
  70         @scores = split /,/, $seq_qual;
  71         @seqs   = split //, Maasha::Solid::color_space2seq( $seq_cs );
  72
  73         for ( $i = 0; $i < @seqs; $i++ ) {
  74             $seqs[ $i ] = lc $seqs[ $i ] if $scores[ $i ] < $options->{ "quality" };
  75         }
  76
  77         $record = {
  78             REC_TYPE   => 'SOLID',
  79             SEQ_NAME   => $seq_name,
  80             SEQ_CS     => $seq_cs,
  81             SEQ_QUAL   => join( ";", @scores ),
  82             SEQ_LEN    => length $seq_cs,
  83             SEQ        => join( "", @seqs ),
  84             SCORE_MEAN => sprintf( "%.2f", Maasha::Calc::mean( \@scores ) ),
  85         };
  86
  87         Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  88
  89         last if $options->{ "num" } and $num == $options->{ "num" };
  90
  91         $num++;
  92     }
  93
  94     close $data_in;
  95 }
  96
  97 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  98 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  99
 100
 101 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 102
 103
 104 BEGIN
 105 {
 106     Maasha::Biopieces::status_set();
 107 }
 108
 109
 110 END
 111 {
 112     Maasha::Biopieces::status_log();
 113 }
 114
 115
 116 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 117
 118
 119 __END__