bp_bin/read_soft

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Read SOFT entries from one or more files.
  25 # http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/info/soft2.html
  26
  27 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  28
  29
  30 use warnings;
  31 use strict;
  32 use Data::Dumper;
  33 use Maasha::Biopieces;
  34 use Maasha::Filesys;
  35 use Maasha::NCBI;
  36
  37
  38 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  39
  40
  41 my ( $options, $in, $out, $record, $data_in, $num, $entry, $records, $soft_index,
  42      $fh, @platforms, $plat_table, @samples, $sample, $old_end, $skip, $file );
  43
  44 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  45     [
  46         { long => 'data_in', short => 'i', type => 'files!', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  47         { long => 'samples', short => 's', type => 'list',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  48         { long => 'num',     short => 'n', type => 'uint',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => '0' },
  49     ]
  50 );
  51
  52 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  53 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  54
  55 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) ) {
  56     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  57 }
  58
  59 $num = 1;
  60
  61 foreach $file ( @{ $options->{ "data_in" } } )
  62 {
  63     print STDERR "Creating index for file: $file\n" if $options->{ "verbose" };
  64
  65     $soft_index = Maasha::NCBI::soft_index_file( $file );
  66
  67     # print STDERR Dumper( $soft_index ) if $options->{ "verbose" };
  68
  69     $fh         = Maasha::Filesys::file_read_open( $file );
  70
  71     @platforms  = grep { $_->{ "SECTION" } =~ /PLATFORM/ } @{ $soft_index };
  72
  73     print STDERR "Getting platform tables for file: $file\n" if $options->{ "verbose" };
  74
  75     $plat_table = Maasha::NCBI::soft_get_platform( $fh, $platforms[ 0 ]->{ "LINE_BEG" }, $platforms[ -1 ]->{ "LINE_END" } );
  76
  77     @samples    = grep { $_->{ "SECTION" } =~ /SAMPLE/ } @{ $soft_index };
  78
  79     $old_end    = $platforms[ -1 ]->{ "LINE_END" };
  80
  81     foreach $sample ( @samples )
  82     {
  83         $skip = 0;
  84         $skip = 1 if ( $options->{ "samples" } and grep { $sample->{ "SECTION" } !~ /$_/ } @{ $options->{ "samples" } } );
  85
  86         print STDERR "Getting samples for dataset: $sample->{ 'SECTION' }\n" if $options->{ "verbose" } and not $skip;
  87
  88         $records = Maasha::NCBI::soft_get_sample( $fh, $plat_table, $sample->{ "LINE_BEG" } - $old_end - 1, $sample->{ "LINE_END" } - $old_end - 1, $skip );
  89
  90         foreach $record ( @{ $records } )
  91         {
  92             Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  93
  94             goto NUM if $options->{ "num" } and $num == $options->{ "num" };
  95
  96             $num++;
  97         }
  98
  99         $old_end = $sample->{ "LINE_END" };
 100     }
 101
 102     close $fh;
 103 }
 104
 105 NUM:
 106
 107 close $data_in if $data_in;
 108 close $fh if $fh;
 109
 110 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
 111 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
 112
 113
 114 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 115
 116
 117 BEGIN
 118 {
 119     Maasha::Biopieces::status_set();
 120 }
 121
 122
 123 END
 124 {
 125     Maasha::Biopieces::status_log();
 126 }
 127
 128
 129 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 130
 131
 132 __END__