bp_bin/read_sff

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2010 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 # Read SFF entries from one or more files.
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31 require 'maasha/biopieces'
  32 require 'maasha/sff'
  33
  34 casts = []
  35 casts << {:long=>'data_in', :short=>'i', :type=>'files!', :mandatory=>false, :default=>nil, :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  36 casts << {:long=>'num',     :short=>'n', :type=>'uint',   :mandatory=>false, :default=>nil, :allowed=>nil, :disallowed=>'0'}
  37 casts << {:long=>'mask',    :short=>'m', :type=>'flag',   :mandatory=>false, :default=>nil, :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  38 casts << {:long=>'clip',    :short=>'c', :type=>'flag',   :mandatory=>false, :default=>nil, :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  39
  40 options = Biopieces.options_parse(ARGV, casts)
  41
  42 Biopieces.open(options[:stream_in], options[:stream_out]) do |input, output|
  43   input.each_record do |record|
  44     output.puts record
  45   end
  46
  47   num  = 0
  48   last = false
  49
  50   if options[:data_in]
  51     options[:data_in].each do |file|
  52       SFF.open(file, 'r') do |sff|
  53         sff.each do |entry|
  54           entry.mask if options[:mask]
  55           entry.clip if options[:clip]
  56           output.puts entry.to_bp
  57           num += 1
  58
  59           if options[:num] and options[:num] == num
  60             last = true
  61             break
  62           end
  63         end
  64       end
  65
  66       break if last
  67     end
  68   end
  69 end
  70
  71
  72 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  73
  74
  75 __END__