bp_bin/read_genbank

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2010 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 # Read Genbank entries from one or more files.
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31 require 'maasha/biopieces'
  32 require 'maasha/genbank'
  33
  34 casts = []
  35 casts << {:long=>'data_in',    :short=>'i', :type=>'files!', :mandatory=>false, :default=>nil, :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  36 casts << {:long=>'num',        :short=>'n', :type=>'uint',   :mandatory=>false, :default=>nil, :allowed=>nil, :disallowed=>'0'}
  37 casts << {:long=>'keys',       :short=>'k', :type=>'list',   :mandatory=>false, :default=>nil, :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  38 casts << {:long=>'features',   :short=>'f', :type=>'list',   :mandatory=>false, :default=>nil, :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  39 casts << {:long=>'qualifiers', :short=>'q', :type=>'list',   :mandatory=>false, :default=>nil, :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  40
  41 options = Biopieces.options_parse(ARGV, casts)
  42
  43 hash_keys  = options[:keys].inject(Hash.new)       { |h,k| h[k.upcase.to_sym] = true; h } if options[:keys]
  44 hash_feats = options[:features].inject(Hash.new)   { |h,k| h[k.upcase.to_sym] = true; h } if options[:features]
  45 hash_quals = options[:qualifiers].inject(Hash.new) { |h,k| h[k.upcase.to_sym] = true; h } if options[:qualifiers]
  46
  47
  48 Biopieces.open(options[:stream_in], options[:stream_out]) do |input, output|
  49   input.each_record do |record|
  50     output.puts record
  51   end
  52
  53   num  = 0
  54   last = false
  55
  56   if options[:data_in]
  57     options[:data_in].each do |file|
  58       Genbank.open(file, mode='r') do |gb|
  59         gb.each(hash_keys, hash_feats, hash_quals) do |entry|
  60           output.puts entry
  61
  62           num += 1
  63
  64           if options[:num] and options[:num] == num
  65             last = true
  66             break
  67           end
  68         end
  69       end
  70
  71       break if last
  72     end
  73   end
  74 end
  75
  76
  77 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  78
  79
  80 __END__