bp_bin/read_fastq

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2013 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 # Read FASTQ entries from one or more files.
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31 require 'maasha/biopieces'
  32 require 'maasha/fastq'
  33
  34 allowed_enc = 'auto,base_33,base_64'
  35
  36 casts = []
  37 casts << {:long=>'data_in',  :short=>'i', :type=>'files!', :mandatory=>false, :default=>nil,    :allowed=>nil,         :disallowed=>nil}
  38 casts << {:long=>'num',      :short=>'n', :type=>'uint',   :mandatory=>false, :default=>nil,    :allowed=>nil,         :disallowed=>'0'}
  39 casts << {:long=>'encoding', :short=>'e', :type=>'string', :mandatory=>false, :default=>'auto', :allowed=>allowed_enc, :disallowed=>nil}
  40
  41 options = Biopieces.options_parse(ARGV, casts)
  42
  43 MAX_TEST = 1_000
  44
  45 num  = 0
  46 last = false
  47
  48 Biopieces.open(options[:stream_in], options[:stream_out]) do |input, output|
  49   unless options[:data_in] and options[:data_in].first == '-'
  50     input.each_record do |record|
  51       output.puts record
  52     end
  53   end
  54
  55   if options[:data_in]
  56     options[:data_in].each do |file|
  57       encoding = options[:encoding].downcase.to_sym
  58
  59       Fastq.open(file, mode='r') do |fastq|
  60         fastq.each do |entry|
  61           if encoding == :auto
  62             if entry.qual_base33?
  63               encoding = :base_33
  64             elsif entry.qual_base64?
  65               encoding = :base_64
  66             else
  67               raise SeqError, "Could not auto-detect quality score encoding"
  68             end
  69           end
  70
  71           entry.qual_convert!(encoding, :base_33)
  72           entry.qual_coerce!(:base_33)
  73
  74           if num < MAX_TEST
  75             raise SeqError, "Quality score outside valid range" unless entry.qual_valid?(:base_33)
  76           end
  77
  78           output.puts entry.to_bp
  79           num += 1
  80
  81           if options[:num] == num
  82             last = true
  83             break
  84           end
  85         end
  86       end
  87
  88       break if last
  89     end
  90   end
  91 end
  92
  93
  94 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  95
  96
  97 __END__