bp_bin/read_fastq

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2013 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 # Read FASTQ entries from one or more files.
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31 require 'maasha/biopieces'
  32 require 'maasha/fastq'
  33
  34 allowed_enc = 'auto,sanger,solexa,illumina1.3,illumina1.5,illumina1.8'
  35
  36 casts = []
  37 casts << {:long=>'data_in',  :short=>'i', :type=>'files!', :mandatory=>false, :default=>nil,    :allowed=>nil,         :disallowed=>nil}
  38 casts << {:long=>'num',      :short=>'n', :type=>'uint',   :mandatory=>false, :default=>nil,    :allowed=>nil,         :disallowed=>'0'}
  39 casts << {:long=>'encoding', :short=>'e', :type=>'string', :mandatory=>false, :default=>'auto', :allowed=>allowed_enc, :disallowed=>nil}
  40
  41 options = Biopieces.options_parse(ARGV, casts)
  42
  43 num   = 0
  44 first = true
  45 last  = false
  46
  47 Biopieces.open(options[:stream_in], options[:stream_out]) do |input, output|
  48   unless options[:data_in] and options[:data_in].first == '-'
  49     input.each_record do |record|
  50       output.puts record
  51     end
  52   end
  53
  54   if options[:data_in]
  55     options[:data_in].each do |file|
  56       encoding = options[:encoding].downcase.delete('.')
  57
  58       Fastq.open(file, mode='r') do |fastq|
  59         fastq.each do |entry|
  60           if encoding == 'auto'
  61             if entry.qual_base33? # sanger or illumina18
  62               encoding = 'illumina18'
  63             elsif entry.qual_base64? # solexa or illumina13 or illumina15
  64               encoding = 'illumina13'
  65             else
  66               raise SeqError, "Could not auto-detect quality score encoding"
  67             end
  68           elsif first
  69             raise SeqError, "Quality score outside valid range" unless entry.qual_valid?(encoding)
  70             first = false
  71           end
  72
  73           entry.convert_scores!(encoding, 'illumina13')
  74           output.puts entry.to_bp
  75           num += 1
  76
  77           if options[:num] == num
  78             last = true
  79             break
  80           end
  81         end
  82       end
  83
  84       break if last
  85     end
  86   end
  87 end
  88
  89
  90 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  91
  92
  93 __END__