bp_bin/read_fasta

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2010 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 # Read FASTA entries from one or more files.
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31 require 'maasha/biopieces'
  32 require 'maasha/fasta'
  33
  34 casts = []
  35 casts << {:long=>'data_in', :short=>'i', :type=>'files!', :mandatory=>false, :default=>nil, :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  36 casts << {:long=>'num',     :short=>'n', :type=>'uint',   :mandatory=>false, :default=>nil, :allowed=>nil, :disallowed=>'0'}
  37
  38 options = Biopieces.options_parse(ARGV, casts)
  39
  40 Biopieces.open(options[:stream_in], options[:stream_out]) do |input, output|
  41   unless options[:data_in] and options[:data_in].first == '-'
  42     input.each_record do |record|
  43       output.puts record
  44     end
  45   end
  46
  47   num  = 0
  48   last = false
  49
  50   if options[:data_in]
  51     options[:data_in].each do |file|
  52       Fasta.open(file, 'r') do |fasta|
  53         fasta.each do |entry|
  54           output.puts entry.to_bp
  55           num += 1
  56
  57           if options[:num] and options[:num] == num
  58             last = true
  59             break
  60           end
  61         end
  62       end
  63
  64       break if last
  65     end
  66   end
  67 end
  68
  69
  70 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  71
  72
  73 __END__