bp_bin/read_embl

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2011 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 # Read EMBL entries from one or more files.
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31 require 'maasha/biopieces'
  32 require 'maasha/embl'
  33
  34 casts = []
  35 casts << {:long=>'data_in',    :short=>'i', :type=>'files!', :mandatory=>false, :default=>nil, :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  36 casts << {:long=>'num',        :short=>'n', :type=>'uint',   :mandatory=>false, :default=>nil, :allowed=>nil, :disallowed=>'0'}
  37 casts << {:long=>'keys',       :short=>'k', :type=>'list',   :mandatory=>false, :default=>nil, :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  38 casts << {:long=>'features',   :short=>'f', :type=>'list',   :mandatory=>false, :default=>nil, :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  39 casts << {:long=>'qualifiers', :short=>'q', :type=>'list',   :mandatory=>false, :default=>nil, :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  40
  41 options = Biopieces.options_parse(ARGV, casts)
  42
  43 hash_keys  = options[:keys].inject(Hash.new)       { |h,k| h[k.upcase.to_sym] = true; h } if options[:keys]
  44 hash_feats = options[:features].inject(Hash.new)   { |h,k| h[k.upcase.to_sym] = true; h } if options[:features]
  45 hash_quals = options[:qualifiers].inject(Hash.new) { |h,k| h[k.upcase.to_sym] = true; h } if options[:qualifiers]
  46
  47 Biopieces.open(options[:stream_in], options[:stream_out]) do |input, output|
  48   input.each_record do |record|
  49     output.puts record
  50   end
  51
  52   num  = 0
  53   last = false
  54
  55   if options[:data_in]
  56     options[:data_in].each do |file|
  57       EMBL.open(file, mode='r') do |embl_io|
  58         embl_io.each(hash_keys, hash_feats, hash_quals) do |entry|
  59           output.puts entry
  60
  61           num += 1
  62
  63           if options[:num] and options[:num] == num
  64             last = true
  65             break
  66           end
  67         end
  68       end
  69
  70       break if last
  71     end
  72   end
  73 end
  74
  75
  76 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  77
  78
  79 __END__