bp_bin/read_2bit

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Read nucleotide sequences in 2bit format from one or more files.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Maasha::Biopieces;
  32 use Maasha::Filesys;
  33 use Maasha::TwoBit;
  34
  35
  36 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  37
  38
  39 my ( $options, $in, $out, $record, $file, $data_in, $mask, $toc, $line, $num );
  40
  41 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  42     [
  43         { long => 'data_in', short => 'i', type => 'files!', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  44         { long => 'num',     short => 'n', type => 'uint',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => '0'   },
  45         { long => 'no_mask', short => 'N', type => 'flag',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  46     ]
  47 );
  48
  49 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  50 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  51
  52 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) ) {
  53     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  54 }
  55
  56 $mask = 1 if not $options->{ "no_mask" };
  57
  58 $num = 1;
  59
  60 foreach $file ( @{ $options->{ "data_in" } } )
  61 {
  62     $data_in = Maasha::Filesys::file_read_open( $file );
  63
  64     $toc = Maasha::TwoBit::twobit_get_TOC( $data_in );
  65
  66     foreach $line ( @{ $toc } )
  67     {
  68         $record->{ "SEQ_NAME" } = $line->[ 0 ];
  69         $record->{ "SEQ" }      = Maasha::TwoBit::twobit_get_seq( $data_in, $line->[ 1 ], undef, undef, $mask );
  70         $record->{ "SEQ_LEN" }  = length $record->{ "SEQ" };
  71
  72         Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  73
  74         goto NUM if $options->{ "num" } and $num == $options->{ "num" };
  75
  76         $num++;
  77     }
  78
  79     close $data_in;
  80 }
  81
  82 NUM:
  83
  84 close $data_in if $data_in;
  85
  86 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  87 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  88
  89
  90 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  91
  92
  93 BEGIN
  94 {
  95     Maasha::Biopieces::status_set();
  96 }
  97
  98
  99 END
 100 {
 101     Maasha::Biopieces::status_log();
 102 }
 103
 104
 105 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 106
 107
 108 __END__