bp_bin/random_records

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Select a number of random records from the stream.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Maasha::Biopieces;
  32 use Maasha::Filesys;
  33
  34
  35 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  36
  37
  38 my ( $options, $in, $out, $record, $tmp_dir, $tmp_file, $fh_out, $fh_in, $count, $i, %rand_hash, $rand, $max );
  39
  40 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  41     [
  42         { long => 'num', short => 'n', type => 'uint', mandatory => 'no', default => 10, allowed => undef, disallowed => 0 },
  43     ]
  44 );
  45
  46 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  47 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  48
  49 $tmp_dir  = Maasha::Biopieces::get_tmpdir();
  50 $tmp_file = "$tmp_dir/random_records.tmp";
  51
  52 $fh_out = Maasha::Filesys::file_write_open( $tmp_file );
  53
  54 $count = 0;
  55
  56 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  57 {
  58     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $fh_out );
  59
  60     $count++;
  61 }
  62
  63 close $fh_out;
  64
  65 $max = 0;
  66 $i   = 0;
  67
  68 Maasha::Common::error( qq(Requested random records > records in stream) ) if $options->{ "num" } > $count;
  69
  70 while ( $i < $options->{ "num" } )
  71 {
  72     $rand = int( rand( $count ) );
  73
  74     if ( not exists $rand_hash{ $rand } )
  75     {
  76         $rand_hash{ $rand } = 1;
  77
  78         $max = $rand if $rand > $max;
  79
  80         $i++;
  81     }
  82 }
  83
  84 $fh_in = Maasha::Filesys::file_read_open( $tmp_file );
  85
  86 $count = 0;
  87
  88 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $fh_in ) )
  89 {
  90     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out ) if exists $rand_hash{ $count };
  91
  92     last if $count == $max;
  93
  94     $count++;
  95 }
  96
  97 close $fh_in;
  98
  99 unlink $tmp_file;
 100
 101 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
 102 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
 103
 104
 105 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 106
 107
 108 BEGIN
 109 {
 110     Maasha::Biopieces::status_set();
 111 }
 112
 113
 114 END
 115 {
 116     Maasha::Biopieces::status_log();
 117 }
 118
 119
 120 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 121
 122
 123 __END__