bp_bin/plot_stacked_histogram

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2013 Martin A. Hansen.
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   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
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  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
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  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
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  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
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  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
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  23 # Plot the nucleotide distribution in percent of sequences in the stream.
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  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
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  27 require 'maasha/biopieces'
  28 require 'gnuplot'
  29 require 'pp'
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  31 terminals = "dumb,x11,aqua,post,pdf,png,svg"
  32 title     = "Stacked Histogram"
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  34 casts = []
  35 casts << {:long=>'no_stream', :short=>'x', :type=>'flag',   :mandatory=>false, :default=>nil,    :allowed=>nil,       :disallowed=>nil}
  36 casts << {:long=>'cols',      :short=>'c', :type=>'string', :mandatory=>true,  :default=>nil,    :allowed=>nil,       :disallowed=>nil}
  37 casts << {:long=>'rows',      :short=>'r', :type=>'string', :mandatory=>true,  :default=>nil,    :allowed=>nil,       :disallowed=>nil}
  38 casts << {:long=>'data_out',  :short=>'o', :type=>'file',   :mandatory=>false, :default=>nil,    :allowed=>nil,       :disallowed=>nil}
  39 casts << {:long=>'terminal',  :short=>'t', :type=>'string', :mandatory=>false, :default=>'dumb', :allowed=>terminals, :disallowed=>nil}
  40 casts << {:long=>'title',     :short=>'T', :type=>'string', :mandatory=>false, :default=>title,  :allowed=>nil,       :disallowed=>nil}
  41 casts << {:long=>'xlabel',    :short=>'X', :type=>'string', :mandatory=>false, :default=>nil,    :allowed=>nil,       :disallowed=>nil}
  42 casts << {:long=>'ylabel',    :short=>'Y', :type=>'string', :mandatory=>false, :default=>nil,    :allowed=>nil,       :disallowed=>nil}
  43
  44 options = Biopieces.options_parse(ARGV, casts)
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  46 class PlotData
  47   include Enumerable
  48
  49   def initialize()
  50     @data       = Hash.new { |h, k| h[k] = Hash.new(0) }
  51     @seen_cols  = {}
  52     @seen_rows  = {}
  53     @table      = []
  54   end
  55
  56   def add(row, col)
  57     @data[col][row] += 1
  58     @seen_cols[col]  = true
  59     @seen_rows[row]  = true
  60   end
  61
  62   def each
  63     tabulize() if @table.empty?
  64
  65     @table.each do |row|
  66       yield row
  67     end
  68   end
  69
  70   def row_titles(i)
  71     @seen_rows.keys[i]
  72   end
  73
  74   def col_titles
  75     titles = []
  76
  77     @seen_cols.keys.each_with_index do |col, i|
  78       titles << %{"#{col}" #{i}}
  79     end
  80
  81     "(" + titles.join(", ") + ")"
  82   end
  83
  84   private
  85
  86   def tabulize
  87     @seen_rows.size.times { @table << Array.new(@seen_cols.size, 0) }  # table init
  88
  89     i = 0
  90
  91     @seen_cols.each_key do |col|
  92       j = 0
  93
  94       @seen_rows.each_key do |row|
  95         @table[j][i] = @data[col][row]
  96
  97         j += 1
  98       end
  99
 100       i += 1
 101     end
 102
 103     @table
 104   end
 105 end
 106
 107 data = PlotData.new()
 108
 109 Biopieces.open(options[:stream_in], options[:stream_out]) do |input, output|
 110   input.each_record do |record|
 111     cols = record[options[:cols].to_sym]
 112     rows = record[options[:rows].to_sym]
 113
 114     if cols and rows
 115       data.add(rows, cols)
 116     end
 117
 118     output.puts record unless options[:no_stream]
 119   end
 120 end
 121
 122 Gnuplot.open do |gp|
 123   Gnuplot::Plot.new(gp) do |plot|
 124     plot.terminal options[:terminal]
 125     plot.title    options[:title]
 126     plot.xlabel   options[:xlabel]
 127     plot.ylabel   options[:ylabel]
 128     plot.output   options[:data_out] if options[:data_out]
 129     plot.ytics    "out"
 130 #    plot.yrange   "[0:100]"
 131 #    plot.xrange   "[0:#{max_len}]"
 132     plot.auto     "fix"
 133     #plot.offsets  "1"
 134     plot.key      "outside right top vertical Left reverse enhanced autotitles columnhead nobox"
 135     plot.key      "invert samplen 4 spacing 1 width 0 height 0"
 136     plot.style    "fill solid 0.5 border"
 137     plot.style    "histogram rowstacked"
 138     plot.style    "data histograms"
 139     plot.boxwidth "0.75 absolute"
 140     plot.xtics    "out"
 141     plot.xtics    "norangelimit"
 142     plot.xtics    data.col_titles
 143
 144     data.each_with_index do |row, i|
 145       plot.data << Gnuplot::DataSet.new(row.unshift(0)) do |ds|
 146         ds.using = "1:xtic(2)"
 147         ds.title = data.row_titles(i)
 148       end
 149     end
 150   end
 151 end
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