bp_bin/plot_scores

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2011 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 use warnings;
  26 use strict;
  27 use Maasha::Biopieces;
  28 use Maasha::Fastq;
  29 use Maasha::Plot;
  30
  31 # Plot a histogram of mean sequence quality scores.
  32
  33 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  34
  35
  36 require 'biopieces'
  37 require 'gnuplot'
  38 require 'pp'
  39
  40 terminals = "dumb,x11,aqua,post,pdf,png,svg"
  41
  42 casts = []
  43 casts << {:long=>'no_stream', :short=>'x', :type=>'flag',   :mandatory=>false, :default=>nil,    :allowed=>nil,       :disallowed=>nil}
  44 casts << {:long=>'data_out',  :short=>'o', :type=>'file',   :mandatory=>false, :default=>nil,    :allowed=>nil,       :disallowed=>nil}
  45 casts << {:long=>'terminal',  :short=>'t', :type=>'string', :mandatory=>false, :default=>'dumb', :allowed=>terminals, :disallowed=>nil}
  46
  47 bp = Biopieces.new
  48
  49 options = bp.parse(ARGV, casts)
  50
  51 BASE_SOLEXA = 64
  52
  53 sum_hash   = Hash.new(0)
  54 count_hash = Hash.new(0)
  55
  56 bp.each_record do |record|
  57   if record[:SCORES]
  58     scores = record[:SCORES]
  59     (0 ... scores.length).each do |i|
  60       sum_hash[i]   += (scores[i].ord - BASE_SOLEXA)
  61       count_hash[i] += 1
  62     end
  63   end
  64
  65   bp.puts record unless options[:no_stream]
  66 end
  67
  68 x = []
  69 y = []
  70
  71 (0 ... sum_hash.size).each do |i|
  72   x << i
  73   y << sum_hash[i].to_f / count_hash[i].to_f
  74 end
  75
  76 Gnuplot.open do |gp|
  77   Gnuplot::Plot.new(gp) do |plot|
  78     plot.terminal options[:terminal]
  79     plot.title    "Mean Quality Scores"
  80     plot.ylabel   "Mean score"
  81     plot.xlabel   "Sequence position"
  82     plot.output   options[:data_out] if options[:data_out]
  83     plot.xrange   "[#{x.min - 1}:#{x.max + 1}]"
  84     plot.yrange   "[0:40]"
  85     plot.style    "fill solid 0.5 border"
  86     plot.xtics    "out"
  87     plot.ytics    "out"
  88
  89     plot.data << Gnuplot::DataSet.new([x, y]) do |ds|
  90       ds.with = "boxes"
  91       ds.notitle
  92     end
  93   end
  94 end
  95
  96
  97 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  98
  99
 100 __END__