bp_bin/plot_scores

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2011 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # Plot a histogram of mean sequence quality scores.
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27
  28 require 'maasha/biopieces'
  29 require 'gnuplot'
  30 require 'pp'
  31
  32 terminals = "dumb,x11,aqua,post,pdf,png,svg"
  33 title     = "Mean Quality Scores"
  34 xlabel    = "Sequence position"
  35 ylabel    = "Mean score"
  36
  37 casts = []
  38 casts << {:long=>'no_stream', :short=>'x', :type=>'flag',   :mandatory=>false, :default=>nil,    :allowed=>nil,       :disallowed=>nil}
  39 casts << {:long=>'data_out',  :short=>'o', :type=>'file',   :mandatory=>false, :default=>nil,    :allowed=>nil,       :disallowed=>nil}
  40 casts << {:long=>'terminal',  :short=>'t', :type=>'string', :mandatory=>false, :default=>'dumb', :allowed=>terminals, :disallowed=>nil}
  41 casts << {:long=>'title',     :short=>'T', :type=>'string', :mandatory=>false, :default=>title,  :allowed=>nil,       :disallowed=>nil}
  42 casts << {:long=>'xlabel',    :short=>'X', :type=>'string', :mandatory=>false, :default=>xlabel, :allowed=>nil,       :disallowed=>nil}
  43 casts << {:long=>'ylabel',    :short=>'Y', :type=>'string', :mandatory=>false, :default=>ylabel, :allowed=>nil,       :disallowed=>nil}
  44
  45 bp = Biopieces.new
  46
  47 options = bp.parse(ARGV, casts)
  48
  49 BASE_SOLEXA = 64
  50
  51 sum_hash   = Hash.new(0)
  52 count_hash = Hash.new(0)
  53
  54 bp.each_record do |record|
  55   if record[:SCORES]
  56     scores = record[:SCORES]
  57     (0 ... scores.length).each do |i|
  58       sum_hash[i]   += (scores[i].ord - BASE_SOLEXA)
  59       count_hash[i] += 1
  60     end
  61   end
  62
  63   bp.puts record unless options[:no_stream]
  64 end
  65
  66 x = []
  67 y = []
  68
  69 (0 ... sum_hash.size).each do |i|
  70   x << i + 1
  71   y << sum_hash[i].to_f / count_hash[i].to_f
  72 end
  73
  74 Gnuplot.open do |gp|
  75   Gnuplot::Plot.new(gp) do |plot|
  76     plot.terminal options[:terminal]
  77     plot.title    options[:title]
  78     plot.xlabel   options[:xlabel]
  79     plot.ylabel   options[:ylabel]
  80     plot.output   options[:data_out] if options[:data_out]
  81     plot.xrange   "[#{x.min - 1}:#{x.max + 1}]"
  82     plot.yrange   "[0:40]"
  83     plot.style    "fill solid 0.5 border"
  84     plot.xtics    "out"
  85     plot.ytics    "out"
  86
  87     plot.data << Gnuplot::DataSet.new([x, y]) do |ds|
  88       ds.with = "boxes"
  89       ds.notitle
  90     end
  91   end
  92 end
  93
  94
  95 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  96
  97
  98 __END__