bp_bin/plot_scores

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2010 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Create a lineplot from quality scores in the stream.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Maasha::Biopieces;
  32 use Maasha::Fastq;
  33 use Maasha::Plot;
  34 use Maasha::Calc;
  35
  36
  37 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  38
  39
  40 my ( $options, $in, $out, $default, $terminals, $formats, $record, %count_hash, %sum_hash, $i, @scores, @data_list, $result, $fh, $tmp_dir );
  41
  42 $default   = "Quality Scores";
  43 $terminals = "dumb,x11,aqua,post,svg";
  44 $formats   = "solexa,phred,decimal";
  45
  46 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  47     [
  48         { long => 'no_stream',  short => 'x', type => 'flag',   mandatory => 'no',  default => undef,    allowed => undef,      disallowed => undef },
  49         { long => 'format'  ,   short => 'f', type => 'string', mandatory => 'no',  default => "solexa", allowed => $formats,   disallowed => undef },
  50         { long => 'terminal',   short => 't', type => 'string', mandatory => 'no',  default => 'dumb',   allowed => $terminals, disallowed => undef },
  51         { long => 'title',      short => 'T', type => 'string', mandatory => 'no',  default => $default, allowed => undef,      disallowed => undef },
  52         { long => 'xlabel',     short => 'X', type => 'string', mandatory => 'no',  default => undef,    allowed => undef,      disallowed => undef },
  53         { long => 'ylabel',     short => 'Y', type => 'string', mandatory => 'no',  default => undef,    allowed => undef,      disallowed => undef },
  54     ]
  55 );
  56
  57 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  58 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  59
  60 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  61 {
  62     if ( $record->{ 'SCORES' } )
  63     {
  64         if ( $options->{ 'format' } eq "solexa" )
  65         {
  66             for ( $i = 0; $i < length $record->{ 'SCORES' }; $i++ )
  67             {
  68                 $count_hash{ $i }++;
  69                 $sum_hash{ $i } += Maasha::Fastq::solexa2dec( substr $record->{ "SCORES" }, $i, 1 );
  70             }
  71         }
  72         elsif ( $options->{ 'format' } eq "phred" )
  73         {
  74             for ( $i = 0; $i < length $record->{ 'SCORES' }; $i++ )
  75             {
  76                 $count_hash{ $i }++;
  77                 $sum_hash{ $i } += Maasha::Fastq::phred2dec( substr $record->{ "SCORES" }, $i, 1 );
  78             }
  79         }
  80         else
  81         {
  82             @scores = split ";", $record->{ 'SCORES' };
  83
  84             for ( $i = 0; $i < @scores; $i++ )
  85             {
  86                 $count_hash{ $i }++;
  87                 $sum_hash{ $i } += $scores[ $i ];
  88             }
  89         }
  90     }
  91
  92     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out ) if not $options->{ "no_stream" };
  93 }
  94
  95 for ( $i = 0; $i < keys %count_hash; $i++ ) {
  96     push @data_list, [ $sum_hash{ $i } / $count_hash{ $i } ];
  97 }
  98
  99 $tmp_dir = Maasha::Biopieces::get_tmpdir();
 100
 101 $result = Maasha::Plot::lineplot_simple( \@data_list, $options, $tmp_dir );
 102
 103 $fh = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "data_out" } );
 104
 105 print $fh "$_\n" foreach @{ $result };
 106
 107 close $fh;
 108
 109 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
 110 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
 111
 112
 113 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 114
 115
 116 BEGIN
 117 {
 118     Maasha::Biopieces::status_set();
 119 }
 120
 121
 122 END
 123 {
 124     Maasha::Biopieces::status_log();
 125 }
 126
 127
 128 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 129
 130
 131 __END__