bp_bin/plot_scores

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2011 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # Plot a histogram of mean sequence quality scores.
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27
  28 require 'maasha/biopieces'
  29 require 'gnuplot'
  30 require 'pp'
  31
  32 terminals = "dumb,x11,aqua,post,pdf,png,svg"
  33 title     = "Mean Quality Scores"
  34 xlabel    = "Sequence position"
  35 ylabel    = "Mean score"
  36
  37 casts = []
  38 casts << {:long=>'no_stream', :short=>'x', :type=>'flag',   :mandatory=>false, :default=>nil,    :allowed=>nil,       :disallowed=>nil}
  39 casts << {:long=>'data_out',  :short=>'o', :type=>'file',   :mandatory=>false, :default=>nil,    :allowed=>nil,       :disallowed=>nil}
  40 casts << {:long=>'terminal',  :short=>'t', :type=>'string', :mandatory=>false, :default=>'dumb', :allowed=>terminals, :disallowed=>nil}
  41 casts << {:long=>'title',     :short=>'T', :type=>'string', :mandatory=>false, :default=>title,  :allowed=>nil,       :disallowed=>nil}
  42 casts << {:long=>'xlabel',    :short=>'X', :type=>'string', :mandatory=>false, :default=>xlabel, :allowed=>nil,       :disallowed=>nil}
  43 casts << {:long=>'ylabel',    :short=>'Y', :type=>'string', :mandatory=>false, :default=>ylabel, :allowed=>nil,       :disallowed=>nil}
  44
  45 options = Biopieces.options_parse(ARGV, casts)
  46
  47 ILLUMINA_BASE = 64
  48 ILLUMINA_MIN  = 0
  49 ILLUMINA_MAX  = 40
  50
  51 sum_hash   = Hash.new(0)
  52 count_hash = Hash.new(0)
  53
  54 Biopieces.open(options[:stream_in], options[:stream_out]) do |input, output|
  55   input.each_record do |record|
  56     if record[:SCORES]
  57       scores = record[:SCORES]
  58       (0 ... scores.length).each do |i|
  59         sum_hash[i]   += (scores[i].ord - ILLUMINA_BASE)
  60         count_hash[i] += 1
  61       end
  62     end
  63
  64     output.puts record unless options[:no_stream]
  65   end
  66 end
  67
  68 x = []
  69 y = []
  70
  71 (0 ... sum_hash.size).each do |i|
  72   x << i + 1
  73   y << sum_hash[i].to_f / count_hash[i].to_f
  74 end
  75
  76 Gnuplot.open do |gp|
  77   Gnuplot::Plot.new(gp) do |plot|
  78     plot.terminal options[:terminal]
  79     plot.title    options[:title]
  80     plot.xlabel   options[:xlabel]
  81     plot.ylabel   options[:ylabel]
  82     plot.output   options[:data_out] if options[:data_out]
  83     plot.xrange   "[#{x.min - 1}:#{x.max + 1}]"
  84     plot.yrange   "[#{ILLUMINA_MIN}:#{ILLUMINA_MAX}]"
  85     plot.style    "fill solid 0.5 border"
  86     plot.xtics    "out"
  87     plot.ytics    "out"
  88
  89     plot.data << Gnuplot::DataSet.new([x, y]) do |ds|
  90       ds.with = "boxes"
  91       ds.notitle
  92     end
  93   end
  94 end
  95
  96
  97 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  98
  99
 100 __END__