bp_bin/plot_scores

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2012 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # Plot a histogram of mean sequence quality scores.
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 require 'maasha/biopieces'
  28 require 'gnuplot'
  29 require 'narray'
  30 require 'pp'
  31
  32 terminals = "dumb,x11,aqua,post,pdf,png,svg"
  33 title     = "Mean Quality Scores"
  34 xlabel    = "Sequence position"
  35 ylabel    = "Mean score"
  36
  37 casts = []
  38 casts << {:long=>'no_stream', :short=>'x', :type=>'flag',   :mandatory=>false, :default=>nil,    :allowed=>nil,       :disallowed=>nil}
  39 casts << {:long=>'count',     :short=>'c', :type=>'flag',   :mandatory=>false, :default=>nil,    :allowed=>nil,       :disallowed=>nil}
  40 casts << {:long=>'data_out',  :short=>'o', :type=>'file',   :mandatory=>false, :default=>nil,    :allowed=>nil,       :disallowed=>nil}
  41 casts << {:long=>'terminal',  :short=>'t', :type=>'string', :mandatory=>false, :default=>'dumb', :allowed=>terminals, :disallowed=>nil}
  42 casts << {:long=>'title',     :short=>'T', :type=>'string', :mandatory=>false, :default=>title,  :allowed=>nil,       :disallowed=>nil}
  43 casts << {:long=>'xlabel',    :short=>'X', :type=>'string', :mandatory=>false, :default=>xlabel, :allowed=>nil,       :disallowed=>nil}
  44 casts << {:long=>'ylabel',    :short=>'Y', :type=>'string', :mandatory=>false, :default=>ylabel, :allowed=>nil,       :disallowed=>nil}
  45
  46 options = Biopieces.options_parse(ARGV, casts)
  47
  48 ILLUMINA_BASE = 64
  49 ILLUMINA_MIN  = 0
  50 ILLUMINA_MAX  = 40
  51 SCORES_MAX    = 10_000
  52
  53 scores_vec = NArray.int(SCORES_MAX)
  54 count_vec  = NArray.int(SCORES_MAX)
  55 max        = 0
  56
  57 Biopieces.open(options[:stream_in], options[:stream_out]) do |input, output|
  58   input.each_record do |record|
  59     if record[:SCORES]
  60       scores = record[:SCORES]
  61
  62       if scores.length > 0
  63         raise BiopiecesError, "score string too long: #{scores.length} > #{SCORES_MAX}" if scores.length > SCORES_MAX
  64
  65         scores_vec[0 ... scores.length] += NArray.to_na(scores, "byte") - ILLUMINA_BASE
  66         count_vec[0 ... scores.length]  += 1
  67
  68         max = scores.length if scores.length > max
  69       end
  70     end
  71
  72     output.puts record unless options[:no_stream]
  73   end
  74 end
  75
  76 mean_vec   = NArray.sfloat(max)
  77 mean_vec   = scores_vec[0 ... max].to_f / count_vec[0 ... max]
  78 count_vec  = count_vec[0 ... max].to_f
  79 count_vec *= (ILLUMINA_MAX / count_vec.max(0).to_f)
  80
  81 x  = (1 .. max).to_a
  82 y1 = mean_vec.to_a
  83 y2 = count_vec.to_a
  84
  85 Gnuplot.open do |gp|
  86   Gnuplot::Plot.new(gp) do |plot|
  87     plot.terminal options[:terminal]
  88     plot.title    options[:title]
  89     plot.xlabel   options[:xlabel]
  90     plot.ylabel   options[:ylabel]
  91     plot.output   options[:data_out] if options[:data_out]
  92     plot.xrange   "[#{x.min - 1}:#{x.max + 1}]"
  93     plot.yrange   "[#{ILLUMINA_MIN}:#{ILLUMINA_MAX}]"
  94     plot.style    "fill solid 0.5 border"
  95     plot.xtics    "out"
  96     plot.ytics    "out"
  97
  98     plot.data << Gnuplot::DataSet.new([x, y1]) do |ds|
  99       ds.with  = "boxes"
 100       ds.title = "mean score"
 101     end
 102
 103     if options[:count]
 104       plot.data << Gnuplot::DataSet.new([x, y2]) do |ds|
 105         ds.with  = "lines lt rgb \"black\""
 106         ds.title = "relative count"
 107       end
 108     end
 109   end
 110 end
 111
 112
 113 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 114
 115
 116 __END__