bp_bin/plot_scores

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2012 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # Plot a histogram of mean sequence quality scores.
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 require 'maasha/biopieces'
  28 require 'maasha/seq'
  29 require 'gnuplot'
  30 require 'narray'
  31
  32 terminals = "dumb,x11,aqua,post,pdf,png,svg"
  33 title     = "Mean Quality Scores"
  34 xlabel    = "Sequence position"
  35 ylabel    = "Mean score"
  36
  37 casts = []
  38 casts << {:long=>'no_stream', :short=>'x', :type=>'flag',   :mandatory=>false, :default=>nil,    :allowed=>nil,       :disallowed=>nil}
  39 casts << {:long=>'count',     :short=>'c', :type=>'flag',   :mandatory=>false, :default=>nil,    :allowed=>nil,       :disallowed=>nil}
  40 casts << {:long=>'data_out',  :short=>'o', :type=>'file',   :mandatory=>false, :default=>nil,    :allowed=>nil,       :disallowed=>nil}
  41 casts << {:long=>'terminal',  :short=>'t', :type=>'string', :mandatory=>false, :default=>'dumb', :allowed=>terminals, :disallowed=>nil}
  42 casts << {:long=>'title',     :short=>'T', :type=>'string', :mandatory=>false, :default=>title,  :allowed=>nil,       :disallowed=>nil}
  43 casts << {:long=>'xlabel',    :short=>'X', :type=>'string', :mandatory=>false, :default=>xlabel, :allowed=>nil,       :disallowed=>nil}
  44 casts << {:long=>'ylabel',    :short=>'Y', :type=>'string', :mandatory=>false, :default=>ylabel, :allowed=>nil,       :disallowed=>nil}
  45
  46 options = Biopieces.options_parse(ARGV, casts)
  47
  48 SCORES_MAX = 100_000
  49
  50 scores_vec = NArray.int(SCORES_MAX)
  51 count_vec  = NArray.int(SCORES_MAX)
  52 max        = 0
  53
  54 Biopieces.open(options[:stream_in], options[:stream_out]) do |input, output|
  55   input.each_record do |record|
  56     if record[:SCORES]
  57       scores = record[:SCORES]
  58
  59       if scores.length > 0
  60         raise BiopiecesError, "score string too long: #{scores.length} > #{SCORES_MAX}" if scores.length > SCORES_MAX
  61
  62         scores_vec[0 ... scores.length] += NArray.to_na(scores, "byte") - Seq::SCORE_BASE
  63         count_vec[0 ... scores.length]  += 1
  64
  65         max = scores.length if scores.length > max
  66       end
  67     end
  68
  69     output.puts record unless options[:no_stream]
  70   end
  71 end
  72
  73 mean_vec   = NArray.sfloat(max)
  74 mean_vec   = scores_vec[0 ... max].to_f / count_vec[0 ... max]
  75 count_vec  = count_vec[0 ... max].to_f
  76 count_vec *= (Seq::SCORE_MAX / count_vec.max(0).to_f)
  77
  78 x  = (1 .. max).to_a
  79 y1 = mean_vec.to_a
  80 y2 = count_vec.to_a
  81
  82 Gnuplot.open do |gp|
  83   Gnuplot::Plot.new(gp) do |plot|
  84     plot.terminal options[:terminal]
  85     plot.title    options[:title]
  86     plot.xlabel   options[:xlabel]
  87     plot.ylabel   options[:ylabel]
  88     plot.output   options[:data_out] || "/dev/stderr"
  89     plot.xrange   "[#{x.min - 1}:#{x.max + 1}]"
  90     plot.yrange   "[#{Seq::SCORE_MIN}:#{Seq::SCORE_MAX}]"
  91     plot.style    "fill solid 0.5 border"
  92     plot.xtics    "out"
  93     plot.ytics    "out"
  94
  95     plot.data << Gnuplot::DataSet.new([x, y1]) do |ds|
  96       ds.with  = "boxes"
  97       ds.title = "mean score"
  98     end
  99
 100     if options[:count]
 101       plot.data << Gnuplot::DataSet.new([x, y2]) do |ds|
 102         ds.with  = "lines lt rgb \"black\""
 103         ds.title = "relative count"
 104       end
 105     end
 106   end
 107 end
 108
 109
 110 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 111
 112
 113 __END__