bp_bin/plot_phastcons_profiles

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Plot chromosome distribution histogram.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Maasha::Biopieces;
  32 use Maasha::Plot;
  33 use Maasha::Matrix;
  34 use Maasha::Filesys;
  35 use Maasha::UCSC;
  36 use Maasha::UCSC::Wiggle;
  37
  38
  39 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  40
  41
  42 my ( $options, $in, $out, $default, $terminals, $phastcons_file, $phastcons_index,
  43      $index, $fh_phastcons, $record, $scores, $AoA, $plot, $fh, $tmp_dir );
  44
  45 $default   = "PhastCons Profiles";
  46 $terminals = "dumb,x11,aqua,post,svg";
  47
  48 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  49     [
  50         { long => 'no_stream',  short => 'x', type => 'flag',   mandatory => 'no',  default => undef,    allowed => undef,      disallowed => undef },
  51         { long => 'data_out',   short => 'o', type => 'file',   mandatory => 'no',  default => undef,    allowed => undef,      disallowed => undef },
  52         { long => 'genome',     short => 'g', type => 'genome', mandatory => 'yes', default => undef,    allowed => undef,      disallowed => undef },
  53         { long => 'mean',       short => 'm', type => 'flag',   mandatory => 'no',  default => undef,    allowed => undef,      disallowed => undef },
  54         { long => 'median',     short => 'M', type => 'flag',   mandatory => 'no',  default => undef,    allowed => undef,      disallowed => undef },
  55         { long => 'flank',      short => 'f', type => 'uint',   mandatory => 'no',  default => 0,        allowed => undef,      disallowed => undef },
  56         { long => 'terminal',   short => 't', type => 'string', mandatory => 'no',  default => 'dumb',   allowed => $terminals, disallowed => undef },
  57         { long => 'title',      short => 'T', type => 'string', mandatory => 'no',  default => $default, allowed => undef,      disallowed => undef },
  58         { long => 'xlabel',     short => 'X', type => 'string', mandatory => 'no',  default => undef,    allowed => undef,      disallowed => undef },
  59         { long => 'ylabel',     short => 'Y', type => 'string', mandatory => 'no',  default => undef,    allowed => undef,      disallowed => undef },
  60         { long => 'logscale_y', short => 'L', type => 'flag',   mandatory => 'no',  default => undef,    allowed => undef,      disallowed => undef },
  61     ]
  62 );
  63
  64 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  65 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  66
  67 $phastcons_file  = Maasha::Config::genome_phastcons( $options->{ "genome" } );
  68 $phastcons_index = Maasha::Config::genome_phastcons_index( $options->{ "genome" } );
  69
  70 $index           = Maasha::UCSC::Wiggle::fixedstep_index_retrieve( $phastcons_index );
  71 $fh_phastcons    = Maasha::Filesys::file_read_open( $phastcons_file );
  72
  73 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  74 {
  75     if ( $record->{ "CHR" } and $record->{ "CHR_BEG" } and $record->{ "CHR_END" } )
  76     {
  77         $scores = Maasha::UCSC::Wiggle::fixedstep_index_lookup( $index, $fh_phastcons, $record->{ "CHR" },
  78                                                                                $record->{ "CHR_BEG" },
  79                                                                                $record->{ "CHR_END" },
  80                                                                                $options->{ "flank" } );
  81
  82         push @{ $AoA }, [ @{ $scores } ];
  83     }
  84
  85     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out ) if not $options->{ "no_stream" };
  86 }
  87
  88 Maasha::UCSC::phastcons_normalize( $AoA );
  89
  90 $AoA = [ [ Maasha::UCSC::phastcons_mean( $AoA ) ] ] if $options->{ "mean" };
  91 $AoA = [ [ Maasha::UCSC::phastcons_median( $AoA ) ] ] if $options->{ "median" };
  92
  93 $AoA = Maasha::Matrix::matrix_flip( $AoA );
  94
  95 $tmp_dir = Maasha::Biopieces::get_tmpdir();
  96
  97 $plot = Maasha::Plot::lineplot_simple( $AoA, $options, $tmp_dir );
  98
  99 $fh = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "data_out" } );
 100
 101 print $fh "$_\n" foreach @{ $plot };
 102
 103 close $fh;
 104
 105 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
 106 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
 107
 108
 109 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 110
 111
 112 BEGIN
 113 {
 114     Maasha::Biopieces::status_set();
 115 }
 116
 117
 118 END
 119 {
 120     Maasha::Biopieces::status_log();
 121 }
 122
 123
 124 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 125
 126
 127 __END__