bp_bin/plot_lines

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Plot one or more lines.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Data::Dumper;
  32 use Maasha::Common;
  33 use Maasha::Biopieces;
  34 use Maasha::Plot;
  35 use Maasha::Matrix;
  36 use Maasha::Filesys;
  37
  38
  39 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  40
  41
  42 my ( $options, $in, $out, $default, $terminals, $record, $AoA, $fh, $plot, $tmp_dir, $key, @list );
  43
  44 $default   = "Lines";
  45 $terminals = "dumb,x11,aqua,post,svg";
  46
  47 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  48     [
  49         { long => 'no_stream',  short => 'x', type => 'flag',   mandatory => 'no', default => undef,    allowed => undef,      disallowed => undef },
  50         { long => 'data_out',   short => 'o', type => 'file',   mandatory => 'no', default => undef,    allowed => undef,      disallowed => undef },
  51         { long => 'keys',       short => 'k', type => 'list',   mandatory => 'no', default => undef,    allowed => undef,      disallowed => undef },
  52         { long => 'list',       short => 'l', type => 'string', mandatory => 'no', default => undef,    allowed => undef,      disallowed => undef },
  53         { long => 'terminal',   short => 't', type => 'string', mandatory => 'no', default => 'dumb',   allowed => $terminals, disallowed => undef },
  54         { long => 'title',      short => 'T', type => 'string', mandatory => 'no', default => $default, allowed => undef,      disallowed => undef },
  55         { long => 'xlabel',     short => 'X', type => 'string', mandatory => 'no', default => undef,    allowed => undef,      disallowed => undef },
  56         { long => 'ylabel',     short => 'Y', type => 'string', mandatory => 'no', default => undef,    allowed => undef,      disallowed => undef },
  57         { long => 'logscale_y', short => 'L', type => 'flag',   mandatory => 'no', default => undef,    allowed => undef,      disallowed => undef },
  58     ]
  59 );
  60
  61 Maasha::Common::error( qq(neither 'keys' or 'list' specified - use one or the other) )    if not defined $options->{ 'keys' } and not defined $options->{ 'list' };
  62 Maasha::Common::error( qq(both 'keys' and 'list' specified - use only one or the other) ) if     defined $options->{ 'keys' } and     defined $options->{ 'list' };
  63
  64 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  65 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  66
  67 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  68 {
  69     if ( defined $options->{ 'list' } and defined $record->{ $options->{ 'list' } } )
  70     {
  71         push @{ $AoA }, [ split ";", $record->{ $options->{ 'list' } } ];
  72     }
  73     elsif ( defined $options->{ 'keys' } )
  74     {
  75         undef @list;
  76
  77         map { push @list, $record->{ $_ } if defined $record->{ $_ }  } @{ $options->{ 'keys' } };
  78
  79         push @{ $AoA }, [ @list ] if scalar @list > 0;
  80     }
  81
  82     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out ) if not $options->{ "no_stream" };
  83 }
  84
  85 $AoA     = Maasha::Matrix::matrix_flip( $AoA ) if $options->{ 'list' };  # convert row to column
  86
  87 $tmp_dir = Maasha::Biopieces::get_tmpdir();
  88
  89 $plot    = Maasha::Plot::lineplot_simple( $AoA, $options, $tmp_dir );
  90
  91 $fh      = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "data_out" } );
  92
  93 print $fh "$_\n" foreach @{ $plot };
  94
  95 close $fh;
  96
  97 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  98 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  99
 100
 101 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 102
 103
 104 BEGIN
 105 {
 106     Maasha::Biopieces::status_set();
 107 }
 108
 109
 110 END
 111 {
 112     Maasha::Biopieces::status_log();
 113 }
 114
 115
 116 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 117
 118
 119 __END__