bp_bin/plot_distribution

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2011 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # Plot the distribution of numerical values for a specified key.
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27
  28 require 'maasha/biopieces'
  29 require 'gnuplot'
  30 require 'pp'
  31
  32 terminals = "dumb,x11,aqua,post,pdf,png,svg"
  33 title     = "Distribution"
  34 ylabel    = "n"
  35
  36 casts = []
  37 casts << {:long=>'key',        :short=>'k', :type=>'string', :mandatory=>true,  :default=>nil,    :allowed=>nil,       :disallowed=>nil}
  38 casts << {:long=>'no_stream',  :short=>'x', :type=>'flag',   :mandatory=>false, :default=>nil,    :allowed=>nil,       :disallowed=>nil}
  39 casts << {:long=>'data_out',   :short=>'o', :type=>'file',   :mandatory=>false, :default=>nil,    :allowed=>nil,       :disallowed=>nil}
  40 casts << {:long=>'terminal',   :short=>'t', :type=>'string', :mandatory=>false, :default=>'dumb', :allowed=>terminals, :disallowed=>nil}
  41 casts << {:long=>'title',      :short=>'T', :type=>'string', :mandatory=>false, :default=>title,  :allowed=>nil,       :disallowed=>nil}
  42 casts << {:long=>'xlabel',     :short=>'X', :type=>'string', :mandatory=>false, :default=>nil,    :allowed=>nil,       :disallowed=>nil}
  43 casts << {:long=>'ylabel',     :short=>'Y', :type=>'string', :mandatory=>false, :default=>ylabel, :allowed=>nil,       :disallowed=>nil}
  44 casts << {:long=>'logscale_y', :short=>'L', :type=>'flag',   :mandatory=>false, :default=>nil,    :allowed=>nil,       :disallowed=>nil}
  45
  46 options = Biopieces.options_parse(ARGV, casts)
  47
  48 key = options[:key].to_sym
  49
  50 options[:xlabel] = key unless options[:xlabel]
  51 options[:ylabel] = "log10(#{options[:ylabel]})" if options[:logscale_y]
  52
  53 count_hash = Hash.new(0)
  54
  55 Biopieces.open(options[:stream_in], options[:stream_out]) do |input, output|
  56   input.each_record do |record|
  57     if record[key]
  58       count_hash[record[key].to_i] += 1
  59     end
  60
  61     output.puts record unless options[:no_stream]
  62   end
  63 end
  64
  65 x_max = count_hash.keys.max
  66
  67 x = []
  68 y = []
  69
  70 (0 .. x_max).each do |i|
  71   x << i
  72   y << count_hash[i]
  73 end
  74
  75 Gnuplot.open do |gp|
  76   Gnuplot::Plot.new(gp) do |plot|
  77     plot.terminal options[:terminal]
  78     plot.title    options[:title]
  79     plot.xlabel   options[:xlabel]
  80     plot.ylabel   options[:ylabel]
  81     plot.output   options[:data_out] || "/dev/stderr"
  82     plot.logscale "y"                if options[:logscale_y]
  83     plot.xrange   "[#{x.min - 1}:#{x.max + 1}]"
  84     plot.style    "fill solid 0.5 border"
  85     plot.xtics    "out"
  86     plot.ytics    "out"
  87
  88     plot.data << Gnuplot::DataSet.new([x, y]) do |ds|
  89       ds.with = "boxes"
  90       ds.notitle
  91     end
  92   end
  93 end
  94
  95
  96 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  97
  98
  99 __END__