bp_bin/plot_chrdist

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Plot chromosome distribution histogram.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Maasha::Biopieces;
  32 use Maasha::Plot;
  33
  34
  35 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  36
  37
  38 my ( $options, $in, $out, $default, $terminals, $record, %data_hash, @data_list, $elem, $sort_key, $count, $result, $fh );
  39
  40 $default   = "Chromosome Distribution";
  41 $terminals = "dumb,x11,aqua,post,svg";
  42
  43 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  44     [
  45         { long => 'no_stream',  short => 'x', type => 'flag',   mandatory => 'no',  default => undef,    allowed => undef,      disallowed => undef },
  46         { long => 'data_out',   short => 'o', type => 'file',   mandatory => 'no',  default => undef,    allowed => undef,      disallowed => undef },
  47         { long => 'terminal',   short => 't', type => 'string', mandatory => 'no',  default => 'dumb',   allowed => $terminals, disallowed => undef },
  48         { long => 'title',      short => 'T', type => 'string', mandatory => 'no',  default => $default, allowed => undef,      disallowed => undef },
  49         { long => 'xlabel',     short => 'X', type => 'string', mandatory => 'no',  default => undef,    allowed => undef,      disallowed => undef },
  50         { long => 'ylabel',     short => 'Y', type => 'string', mandatory => 'no',  default => undef,    allowed => undef,      disallowed => undef },
  51         { long => 'logscale_y', short => 'L', type => 'flag',   mandatory => 'no',  default => undef,    allowed => undef,      disallowed => undef },
  52     ]
  53 );
  54
  55 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  56 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  57
  58 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  59 {
  60     if ( $record->{ "CHR" } ) {                                                             # generic
  61         $data_hash{ $record->{ "CHR" } }++;
  62     } elsif ( $record->{ "REC_TYPE" } eq "PATSCAN" and $record->{ "S_ID" } =~ /^chr/i ) {   # patscan
  63         $data_hash{ $record->{ "S_ID" } }++;
  64     } elsif ( $record->{ "REC_TYPE" } eq "PSL" and $record->{ "S_ID" } =~ /^chr/i ) {       # BLAT / PSL
  65         $data_hash{ $record->{ "S_ID" } }++;
  66     } elsif ( $record->{ "REC_TYPE" } eq "BLAST" and $record->{ "S_ID" } =~ /^chr/i ) {     # BLAST
  67         $data_hash{ $record->{ "S_ID" } }++;
  68     }
  69
  70     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out ) if not $options->{ "no_stream" };
  71 }
  72
  73 foreach $elem ( keys %data_hash )
  74 {
  75     $sort_key = $elem;
  76
  77     $sort_key =~ s/chr//i;
  78
  79     $sort_key =~ s/^X(.*)/99$1/;
  80     $sort_key =~ s/^Y(.*)/99$1/;
  81     $sort_key =~ s/^Z(.*)/999$1/;
  82     $sort_key =~ s/^M(.*)/9999$1/;
  83     $sort_key =~ s/^U(.*)/99999$1/;
  84
  85     $count = $sort_key =~ tr/_//;
  86
  87     $sort_key =~ s/_.*/"999999" x $count/ex;
  88
  89     push @data_list, [ $elem, $data_hash{ $elem }, $sort_key ];
  90 }
  91
  92 @data_list = sort { $a->[ 2 ] <=> $b->[ 2 ] } @data_list;
  93
  94 $result = Maasha::Plot::histogram_chrdist( \@data_list, $options );
  95
  96 $fh = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "data_out" } );
  97
  98 print $fh "$_\n" foreach @{ $result };
  99
 100 close $fh;
 101
 102 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
 103 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
 104
 105
 106 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 107
 108
 109 BEGIN
 110 {
 111     Maasha::Biopieces::status_set();
 112 }
 113
 114
 115 END
 116 {
 117     Maasha::Biopieces::status_log();
 118 }
 119
 120
 121 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 122
 123
 124 __END__