bp_bin/order_pairs

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2012 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 # Order records with pair end sequence data.
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31 require 'maasha/biopieces'
  32 require 'pp'
  33
  34 options = Biopieces.options_parse(ARGV)
  35
  36 hash1 = {}
  37 hash2 = {}
  38
  39 Biopieces.open(options[:stream_in], options[:stream_out]) do |input, output|
  40   input.each_record do |record|
  41     if record[:SEQ_NAME]
  42       case record[:SEQ_NAME]
  43       when /^(.+)\/(\d)$/   # Illumina 1.5
  44         name = $1.to_sym
  45         pair = $2.to_i
  46       when /^(.+) (\d):/    # Illumina 1.8
  47         name = $1.to_sym
  48         pair = $2.to_i
  49       else
  50         $stderr.puts "WARNING: Unmatched sequence name: #{record[:SEQ_NAME]}"
  51       end
  52
  53       if pair == 1
  54         if hash2[name]
  55           record[:ORDER]      = "paired"
  56           hash2[name][:ORDER] = "paired"
  57           output.puts record
  58           output.puts hash2[name]
  59
  60           hash2.delete(name)
  61         else
  62           hash1[name] = record
  63         end
  64       elsif pair == 2
  65         if hash1[name]
  66           hash1[name][:ORDER] = "paired"
  67           record[:ORDER]      = "paired"
  68           output.puts hash1[name]
  69           output.puts record
  70
  71           hash1.delete(name)
  72         else
  73           hash2[name] = record
  74         end
  75       end
  76     end
  77   end
  78
  79   hash1.each_value do |record|
  80     record[:ORDER] = "orphan 1"
  81     output.puts record
  82   end
  83
  84   hash2.each_value do |record|
  85     record[:ORDER] = "orphan 2"
  86     output.puts record
  87   end
  88 end
  89
  90
  91 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  92
  93
  94 __END__