bp_bin/oligo_freq

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Determines the oligo frequencies of sequences in stream.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Maasha::Biopieces;
  32
  33
  34 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  35
  36
  37 my ( $options, $in, $out, $record, @freq_table, %oligos );
  38
  39 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  40     [
  41         { long => 'word_size', short => 'w', type => 'uint', mandatory => 'no', default => 7,     allowed => undef, disallowed => 0 },
  42         { long => 'all',       short => 'a', type => 'flag', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  43     ]
  44 );
  45
  46 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  47 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  48
  49 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  50 {
  51     if ( $record->{ "SEQ" } )
  52     {
  53         map { $oligos{ $_ }++ } Maasha::Seq::seq2oligos( \$record->{ "SEQ" }, $options->{ "word_size" } );
  54
  55         if ( not $options->{ "all" } )
  56         {
  57             @freq_table = Maasha::Seq::oligo_freq( \%oligos );
  58
  59             map { Maasha::Biopieces::put_record( $_, $out ) } @freq_table;
  60
  61             undef %oligos;
  62         }
  63     }
  64
  65     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  66 }
  67
  68 if ( defined $options->{ "all" } )
  69 {
  70     @freq_table = Maasha::Seq::oligo_freq( \%oligos );
  71
  72     map { Maasha::Biopieces::put_record( $_, $out ) } @freq_table;
  73 }
  74
  75 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  76 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  77
  78
  79 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  80
  81
  82 BEGIN
  83 {
  84     Maasha::Biopieces::status_set();
  85 }
  86
  87
  88 END
  89 {
  90     Maasha::Biopieces::status_log();
  91 }
  92
  93
  94 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  95
  96
  97 __END__