bp_bin/merge_pair_seq

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2013 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 # Join sequences in the stream.
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31 require 'maasha/biopieces'
  32 require 'maasha/seq'
  33 require 'pp'
  34
  35 def names_match(entry1, entry2)
  36   if entry1.seq_name =~ /^([^ ]+) \d:/
  37     name1 = $1
  38   elsif entry1.seq_name =~ /^(.+)\/\d$/
  39     name1 = $1
  40   else
  41     raise "Could not match sequence name: #{entry1.seq_name}"
  42   end
  43
  44   if entry2.seq_name =~ /^([^ ]+) \d:/
  45     name2 = $1
  46   elsif entry2.seq_name =~ /^(.+)\/\d$/
  47     name2 = $1
  48   else
  49     raise "Could not match sequence name: #{entry2.seq_name}"
  50   end
  51
  52   name1 == name2
  53 end
  54
  55 options = Biopieces.options_parse(ARGV)
  56
  57 entry1 = nil
  58 entry2 = nil
  59
  60 Biopieces.open(options[:stream_in], options[:stream_out]) do |input, output|
  61   input.each_record do |record|
  62     if record[:SEQ_NAME] and record[:SEQ]
  63       if entry1.nil?
  64          entry1 = Seq.new_bp(record)
  65       elsif entry2.nil?
  66         entry2 = Seq.new_bp(record)
  67       end
  68
  69       if entry1 and entry2
  70         if names_match(entry1, entry2)
  71           seq_len_left  = entry1.length
  72           seq_len_right = entry2.length
  73
  74           entry1 << entry2
  75
  76           new_record = entry1.to_bp
  77           new_record[:SEQ_LEN_LEFT]  = seq_len_left
  78           new_record[:SEQ_LEN_RIGHT] = seq_len_right
  79           output.puts new_record
  80         else
  81           raise "names mismatch: #{entry1.seq_name} != #{entry2.seq_name}"
  82         end
  83
  84         entry1 = nil
  85         entry2 = nil
  86       end
  87     else
  88       output.puts record
  89     end
  90   end
  91 end
  92
  93
  94 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  95
  96
  97 __END__