bp_bin/median_vals

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Find the median values in the stream for given keys.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Maasha::Biopieces;
  32 use Maasha::Calc;
  33
  34
  35 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  36
  37
  38 my ( $options, $in, $out, $record, $new_record, $key, %median_hash, $median, $fh );
  39
  40 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  41     [
  42         { long => 'no_stream', short => 'x', type => 'flag',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  43         { long => 'data_out',  short => 'o', type => 'file',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  44         { long => 'keys',      short => 'k', type => 'list',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  45         { long => 'list',      short => 'l', type => 'string', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  46     ]
  47 );
  48
  49 Maasha::Common::error( qq(both --keys and --list specified) ) if     $options->{ "keys" } and     $options->{ "list" };
  50 Maasha::Common::error( qq(no --keys or --list specified) )    if not $options->{ "keys" } and not $options->{ "list" };
  51
  52 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  53 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  54
  55 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  56 {
  57     foreach $key ( @{ $options->{ "keys" } } ) {
  58         push @{ $median_hash{ $key } }, $record->{ $key } if defined $record->{ $key };
  59     }
  60
  61     if ( $options->{ 'list' } and $record->{ $options->{ 'list' } } ) {
  62         $record->{ $options->{ 'list' } . "_MEDIAN" } = sprintf( "%.2f", Maasha::Calc::median( [ split ";", $record->{ $options->{ 'list' } } ] ) );
  63     }
  64
  65     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out ) if not $options->{ "no_stream" };
  66 }
  67
  68 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  69 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  70
  71 $fh = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "data_out" } );
  72
  73 foreach $key ( @{ $options->{ "keys" } } )
  74 {
  75     if ( $median_hash{ $key } ) {
  76         $median = Maasha::Calc::median( $median_hash{ $key } );
  77     } else {
  78         $median = "N/A";
  79     }
  80
  81     $new_record->{ $key . "_MEDIAN" } = $median;
  82 }
  83
  84 if ( $options->{ "keys" } and $new_record )
  85 {
  86     $new_record->{ 'REC_TYPE' } = "MEDIAN";
  87
  88     Maasha::Biopieces::put_record( $new_record, $fh );
  89 }
  90
  91 close $fh;
  92
  93
  94 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  95
  96
  97 BEGIN
  98 {
  99     Maasha::Biopieces::status_set();
 100 }
 101
 102
 103 END
 104 {
 105     Maasha::Biopieces::status_log();
 106 }
 107
 108
 109 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 110
 111
 112 __END__