bp_bin/mate_pair_dist

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Determines the distance between mapped mate pair sequence matches.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Data::Dumper;
  32 use Maasha::Biopieces;
  33
  34
  35 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  36
  37
  38 my ( $options, $in, $out, $record, %data, $q_id, $mate, $contig, $strand, @mates1, @mates2, $mate1, $mate2, $new_record );
  39
  40 $options = Maasha::Biopieces::parse_options();
  41
  42 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  43 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  44
  45 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  46 {
  47     if ( exists $record->{ 'S_ID' }   and
  48          exists $record->{ 'Q_ID' }   and
  49          exists $record->{ 'STRAND' } and
  50          exists $record->{ 'S_BEG' }
  51     )
  52     {
  53         ( $q_id, $mate ) = split "/", $record->{ 'Q_ID' }, 2;
  54
  55         if ( $mate )
  56         {
  57             if ( $mate == 2 )
  58             {
  59                 if ( $record->{ 'STRAND' } eq '+' ) {
  60                     $record->{ 'STRAND' } = '-';
  61                 } else {
  62                     $record->{ 'STRAND' } = '+';
  63                 }
  64             }
  65
  66             push @{ $data{ $record->{ 'S_ID' } }{ $record->{ 'STRAND' } }{ $q_id }{ $mate } }, $record;
  67         }
  68     }
  69
  70     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  71 }
  72
  73 # print Dumper( \%data );   # DEBUG
  74
  75 foreach $contig ( keys %data )
  76 {
  77     foreach $strand ( keys %{ $data{ $contig } } )
  78     {
  79         foreach $q_id ( keys %{ $data{ $contig }{ $strand } } )
  80         {
  81             next if not exists $data{ $contig }{ $strand }{ $q_id }{ 1 };
  82             next if not exists $data{ $contig }{ $strand }{ $q_id }{ 2 };
  83
  84             @mates1 = @{ $data{ $contig }{ $strand }{ $q_id }{ 1 } };
  85             @mates2 = @{ $data{ $contig }{ $strand }{ $q_id }{ 2 } };
  86
  87             @mates1 = sort { $a->{ 'S_BEG' } <=> $b->{ 'S_BEG' } } @mates1;
  88             @mates2 = sort { $a->{ 'S_BEG' } <=> $b->{ 'S_BEG' } } @mates2;
  89
  90             foreach $mate1 ( @mates1 )
  91             {
  92                 foreach $mate2 ( @mates2 )
  93                 {
  94                     $new_record = {
  95                         S_ID     => $contig,
  96                         Q_ID1    => $mate1->{ 'Q_ID' },
  97                         Q_ID2    => $mate2->{ 'Q_ID' },
  98                         S_BEG1   => $mate1->{ 'S_BEG' },
  99                         S_BEG2   => $mate2->{ 'S_BEG' },
 100                         S_END1   => $mate1->{ 'S_END' },
 101                         S_END2   => $mate2->{ 'S_END' },
 102                         SEQ_LEN1 => $mate1->{ 'SEQ_LEN' },
 103                         SEQ_LEN2 => $mate2->{ 'SEQ_LEN' },
 104                         STRAND   => $mate1->{ 'STRAND' },
 105                         DIST   => abs( $mate2->{ 'S_BEG' } - $mate1->{ 'S_BEG' } ),
 106                     };
 107
 108                     Maasha::Biopieces::put_record( $new_record, $out );
 109                 }
 110             }
 111         }
 112     }
 113 }
 114
 115 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
 116 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
 117
 118
 119 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 120
 121
 122 BEGIN
 123 {
 124     Maasha::Biopieces::status_set();
 125 }
 126
 127
 128 END
 129 {
 130     Maasha::Biopieces::status_log();
 131 }
 132
 133
 134 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 135
 136
 137 __END__