bp_bin/match_seq

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Find all matches between sequences in the stream.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Maasha::Biopieces;
  32 use Maasha::Match;
  33
  34
  35 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  36
  37
  38 my ( $options, $in, $out, $record, @entries, $results, $tmp_dir );
  39
  40 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  41     [
  42         { long => 'word_size', short => 'w', type => 'uint',   mandatory => 'no', default => 20,     allowed => undef,                  disallowed => 0 },
  43         { long => 'direction', short => 'd', type => 'string', mandatory => 'no', default => 'both', allowed => 'both,forward,reverse', disallowed => undef },
  44     ]
  45 );
  46
  47 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  48 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  49
  50 $tmp_dir = Maasha::Biopieces::get_tmpdir();
  51
  52 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  53 {
  54     if ( $record->{ "SEQ_NAME" } and $record->{ "SEQ" } ) {
  55         push @entries, [ $record->{ "SEQ_NAME" }, $record->{ "SEQ" } ];
  56     }
  57
  58     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  59 }
  60
  61 if ( @entries == 1 )
  62 {
  63     $results = Maasha::Match::match_mummer( [ $entries[ 0 ] ], [ $entries[ 0 ] ], $options, $tmp_dir );
  64
  65     map { Maasha::Biopieces::put_record( $_, $out ) } @{ $results };
  66 }
  67 else
  68 {
  69     $results = Maasha::Match::match_mummer( [ shift @entries ], \@entries, $options, $tmp_dir );
  70
  71     map { Maasha::Biopieces::put_record( $_, $out ) } @{ $results };
  72 }
  73
  74 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  75 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  76
  77
  78 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  79
  80
  81 BEGIN
  82 {
  83     Maasha::Biopieces::status_set();
  84 }
  85
  86
  87 END
  88 {
  89     Maasha::Biopieces::status_log();
  90 }
  91
  92
  93 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  94
  95
  96 __END__