bp_bin/list_genomes

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Display available genomes.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Maasha::Common;
  32 use Maasha::Biopieces;
  33
  34
  35 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  36
  37
  38 my ( $options, @genomes, $genome, @formats, $format, %hash, %found, @row );
  39
  40 $options = Maasha::Biopieces::parse_options();
  41
  42 @genomes = Maasha::Filesys::ls_dirs( "$ENV{ 'BP_DATA' }/genomes" );
  43
  44 foreach $genome ( @genomes )
  45 {
  46     next if $genome =~ /\.$/;
  47
  48     @formats = Maasha::Filesys::ls_dirs( $genome );
  49
  50     foreach $format ( @formats )
  51     {
  52         if ( $format =~ /\/([^\/]+)\/(\w+)$/ )
  53         {
  54             $hash{ $1 }{ $2 } = 1;
  55
  56             $found{ $2 } = 1;
  57         }
  58     }
  59 }
  60
  61 @row = "Genome";
  62
  63 map { push @row, $_ } sort keys %found;
  64
  65 print join( "\t", @row ), "\n";
  66
  67 foreach $genome ( sort keys %hash )
  68 {
  69     @row = $genome;
  70
  71     foreach $format ( sort keys %found )
  72     {
  73         if ( exists $hash{ $genome }{ $format } ) {
  74             push @row, "yes";
  75         } else {
  76             push @row, "no";
  77         }
  78     }
  79
  80     print join( "\t", @row ), "\n";
  81 }
  82
  83
  84 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  85
  86
  87 BEGIN
  88 {
  89     Maasha::Biopieces::status_set();
  90 }
  91
  92
  93 END
  94 {
  95     Maasha::Biopieces::status_log();
  96 }
  97
  98
  99 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 100
 101
 102 __END__