bp_bin/list_genomes

   1 #!/usr/bin/env perl -w
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Display available genomes.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use strict;
  30 use Maasha::Common;
  31 use Maasha::Biopieces;
  32
  33
  34 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  35
  36
  37 my ( $run_time_beg, $run_time_end, $options, @genomes, $genome, @formats, $format, %hash, %found, @row );
  38
  39 $options = Maasha::Biopieces::parse_options();
  40
  41 @genomes = Maasha::Filesys::ls_dirs( "$ENV{ 'BP_DATA' }/genomes" );
  42
  43 foreach $genome ( @genomes )
  44 {
  45     next if $genome =~ /\.$/;
  46
  47     @formats = Maasha::Filesys::ls_dirs( $genome );
  48
  49     foreach $format ( @formats )
  50     {
  51         if ( $format =~ /\/([^\/]+)\/(\w+)$/ )
  52         {
  53             $hash{ $1 }{ $2 } = 1;
  54
  55             $found{ $2 } = 1;
  56         }
  57     }
  58 }
  59
  60 @row = "Genome";
  61
  62 map { push @row, $_ } sort keys %found;
  63
  64 print join( "\t", @row ), "\n";
  65
  66 foreach $genome ( sort keys %hash )
  67 {
  68     @row = $genome;
  69
  70     foreach $format ( sort keys %found )
  71     {
  72         if ( exists $hash{ $genome }{ $format } ) {
  73             push @row, "yes";
  74         } else {
  75             push @row, "no";
  76         }
  77     }
  78
  79     print join( "\t", @row ), "\n";
  80 }
  81
  82
  83 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  84
  85
  86 BEGIN
  87 {
  88     $run_time_beg = Maasha::Biopieces::run_time();
  89
  90     Maasha::Biopieces::log_biopiece();
  91 }
  92
  93 END
  94 {
  95     $run_time_end = Maasha::Biopieces::run_time();
  96
  97     Maasha::Biopieces::run_time_print( $run_time_beg, $run_time_end, $options );
  98 }
  99
 100
 101 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 102
 103
 104 __END__
 105
 106