bp_bin/kmer_freq

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2011 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 # Determine the frequencies for k-mers in sequences in the stream.
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31
  32 require 'maasha/biopieces'
  33 require 'maasha/seq'
  34
  35 casts = []
  36 casts << {:long=>'size', :short=>'s', :type=>'uint',   :mandatory=>false, :default=>4,     :allowed=>nil,               :disallowed=>'0'}
  37 casts << {:long=>'type', :short=>'t', :type=>'string', :mandatory=>false, :default=>"dna", :allowed=>"dna,rna,protein", :disallowed=>nil}
  38
  39 options = Biopieces.options_parse(ARGV, casts)
  40
  41 oligos = Seq.generate_oligos(options[:size], options[:type])
  42
  43 Biopieces.open(options[:stream_in], options[:stream_out]) do |input, output|
  44   input.each_record do |record|
  45     if record.has_key? :SEQ
  46       kmers  = {}
  47       oligos.each { |oligo| kmers[oligo.upcase] = 0 }
  48
  49       (0 ... record[:SEQ].length - options[:size]).each do |i|
  50         kmer = record[:SEQ][i .. i + options[:size] - 1].upcase
  51         kmers[kmer] += 1 if kmers[kmer]
  52       end
  53
  54       record.merge! kmers
  55     end
  56
  57     output.puts record
  58   end
  59 end
  60
  61
  62 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  63
  64
  65 __END__