bp_bin/intersect_records

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Intersect records in the stream based on overlapping intervals contained in values to specific keys.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Maasha::Biopieces;
  32 use Data::Dumper;
  33
  34
  35 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  36
  37
  38 my ( $options, $in, $out, $record, $opt_key, $opt_strand, $found, $pos, $lookup_hash );
  39
  40 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  41     [
  42         { long => 'key',     short => 'k', type => 'string', mandatory => 'yes', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  43         { long => 'strand',  short => 's', type => 'flag',   mandatory => 'no',  default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  44         { long => 'inverse', short => 'i', type => 'flag',   mandatory => 'no',  default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  45     ]
  46 );
  47
  48 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  49 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  50
  51 $opt_key    = $options->{ 'key' };
  52 $opt_strand = $options->{ 'strand' };
  53
  54 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  55 {
  56     if ( exists $record->{ 'S_ID' } and exists $record->{ 'S_BEG' } and exists $record->{ 'S_END' } )
  57     {
  58         $record->{ 'STRAND' } ||= '.';
  59
  60         if ( exists $record->{ $opt_key } )
  61         {
  62             map { $lookup_hash->{ $record->{ 'S_ID' } }->{ $record->{ 'STRAND' } }->{ $_ } = 1 } ( $record->{ 'S_BEG' } .. $record->{ 'S_END' } );
  63         }
  64         else
  65         {
  66             $found = 0;
  67
  68             foreach $pos ( $record->{ 'S_BEG' } .. $record->{ 'S_END' } )
  69             {
  70                 if ( $opt_strand )
  71                 {
  72                     if ( exists $lookup_hash->{ $record->{ 'S_ID' } }->{ $record->{ 'STRAND' } }->{ $pos } )
  73                     {
  74                         $found = 1;
  75
  76                         last;
  77                     }
  78                 }
  79                 else
  80                 {
  81                     if ( exists $lookup_hash->{ $record->{ 'S_ID' } }->{ '+' }->{ $pos } or
  82                          exists $lookup_hash->{ $record->{ 'S_ID' } }->{ '-' }->{ $pos }
  83                     )
  84                     {
  85                         $found = 1;
  86
  87                         last;
  88                     }
  89                 }
  90             }
  91
  92             if ( (     $found and not $options->{ 'inverse' } ) or
  93                  ( not $found and     $options->{ 'inverse' } )
  94             )
  95             {
  96                 Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  97             }
  98         }
  99     }
 100 }
 101
 102 # print Dumper( $lookup_hash );
 103
 104 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
 105 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
 106
 107
 108 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 109
 110
 111 BEGIN
 112 {
 113     Maasha::Biopieces::status_set();
 114 }
 115
 116
 117 END
 118 {
 119     Maasha::Biopieces::status_log();
 120 }
 121
 122
 123 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 124
 125
 126 __END__