bp_bin/indel_seq

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Introduce indels into sequences in the stream.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Maasha::Common;
  32 use Maasha::Biopieces;
  33 use Maasha::Seq;
  34
  35
  36 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  37
  38
  39 my ( $options, $in, $out, $insertions, $deletions, $seq_len, $record );
  40
  41 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  42     [
  43         { long => 'insertions',         short => 'i', type => 'uint',  mandatory => 'no', default => 0, allowed => undef, disallowed => undef },
  44         { long => 'insertions_percent', short => 'P', type => 'float', mandatory => 'no', default => 0, allowed => undef, disallowed => undef },
  45         { long => 'deletions',          short => 'd', type => 'uint',  mandatory => 'no', default => 0, allowed => undef, disallowed => undef },
  46         { long => 'deletions_percent',  short => 'D', type => 'float', mandatory => 'no', default => 0, allowed => undef, disallowed => undef },
  47     ]
  48 );
  49
  50 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  51 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  52
  53 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  54 {
  55     if ( $record->{ "SEQ" } )
  56     {
  57         $seq_len     = length $record->{ "SEQ" };
  58
  59         $insertions  = $options->{ "insertions" } || int( $seq_len * ( $options->{ "insertions_percent" } / 100 ) );
  60         $deletions   = $options->{ "deletions" }  || int( $seq_len * ( $options->{ "deletions_percent" } / 100 ) );
  61
  62         Maasha::Common::error( qq(insertions > sequence length: $insertions > $seq_len)  ) if $insertions > $seq_len;
  63         Maasha::Common::error( qq(deletions > sequence length: $deletions > $seq_len)  )   if $deletions > $seq_len;
  64
  65         $record->{ "SEQ" } = Maasha::Seq::seq_insert( $record->{ "SEQ" }, $insertions );
  66         $record->{ "SEQ" } = Maasha::Seq::seq_delete( $record->{ "SEQ" }, $deletions );
  67
  68         $record->{ "SEQ_LEN" } = length $record->{ "SEQ" };
  69     }
  70
  71     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  72 }
  73
  74 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  75 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  76
  77
  78 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  79
  80
  81 BEGIN
  82 {
  83     Maasha::Biopieces::status_set();
  84 }
  85
  86
  87 END
  88 {
  89     Maasha::Biopieces::status_log();
  90 }
  91
  92
  93 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  94
  95
  96 __END__