bp_bin/get_genome_phastcons

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Extract phastcons scores from a specified genome.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Maasha::Biopieces;
  32 use Maasha::Filesys;
  33 use Maasha::UCSC::Wiggle;
  34
  35
  36 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  37
  38
  39 my ( $options, $in, $out, $phastcons_file, $phastcons_index, $index, $fh_phastcons, $scores, $record );
  40
  41 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  42     [
  43         { long => 'genome', short => 'g', type => 'genome', mandatory => 'yes', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  44         { long => 'chr',    short => 'c', type => 'string', mandatory => 'no',  default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  45         { long => 'beg',    short => 'b', type => 'uint',   mandatory => 'no',  default => undef, allowed => undef, disallowed => 0 },
  46         { long => 'end',    short => 'e', type => 'uint',   mandatory => 'no',  default => undef, allowed => undef, disallowed => 0 },
  47         { long => 'len',    short => 'l', type => 'uint',   mandatory => 'no',  default => undef, allowed => undef, disallowed => 0 },
  48         { long => 'flank',  short => 'f', type => 'uint',   mandatory => 'no',  default => 0,     allowed => undef, disallowed => undef },
  49     ]
  50 );
  51
  52 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  53 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  54
  55 $phastcons_file  = "$ENV{ 'BP_DATA' }/genomes/$options->{ 'genome' }/phastcons/$options->{ 'genome' }.pp";
  56 $phastcons_index = "$ENV{ 'BP_DATA' }/genomes/$options->{ 'genome' }/phastcons/$options->{ 'genome' }.pp.index";
  57
  58 $index           = Maasha::UCSC::Wiggle::fixedstep_index_retrieve( $phastcons_index );
  59 $fh_phastcons    = Maasha::Filesys::file_read_open( $phastcons_file );
  60
  61 if ( defined $options->{ "chr" } and defined $options->{ "beg" } and ( defined $options->{ "end" } or defined $options->{ "len" } ) )
  62 {
  63     $options->{ "beg" } -= 1;   # request is 1-based
  64     $options->{ "end" } -= 1;   # request is 1-based
  65
  66     if ( $options->{ "len" } ) {
  67         $options->{ "end" } = $options->{ "beg" } + $options->{ "len" } - 1;
  68     }
  69
  70     $scores = Maasha::UCSC::Wiggle::fixedstep_index_lookup( $index, $fh_phastcons, $options->{ "chr" }, $options->{ "beg" }, $options->{ "end" }, $options->{ "flank" } );
  71
  72     $record->{ "CHR" }       = $options->{ "chr" };
  73     $record->{ "CHR_BEG" }   = $options->{ "beg" } - $options->{ "flank" };
  74     $record->{ "CHR_END" }   = $options->{ "end" } + $options->{ "flank" };
  75
  76     $record->{ "PHASTCONS" }   = join ",", @{ $scores };
  77     $record->{ "PHAST_COUNT" } = scalar @{ $scores };  # DEBUG
  78
  79     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  80 }
  81
  82 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  83 {
  84     if ( $record->{ "REC_TYPE" } eq "BED" )
  85     {
  86         $scores = Maasha::UCSC::Wiggle::fixedstep_index_lookup( $index, $fh_phastcons, $record->{ "CHR" }, $record->{ "CHR_BEG" }, $record->{ "CHR_END" }, $options->{ "flank" } );
  87     }
  88     elsif ( $record->{ "REC_TYPE" } eq "PSL" )
  89     {
  90         $scores = Maasha::UCSC::Wiggle::fixedstep_index_lookup( $index, $fh_phastcons, $record->{ "S_ID" }, $record->{ "S_BEG" }, $record->{ "S_END" }, $options->{ "flank" } );
  91     }
  92     elsif ( $record->{ "REC_TYPE" } eq "BLAST" )
  93     {
  94         $scores = Maasha::UCSC::Wiggle::fixedstep_index_lookup( $index, $fh_phastcons, $record->{ "S_ID" }, $record->{ "S_BEG" }, $record->{ "S_END" }, $options->{ "flank" } );
  95     }
  96
  97     $record->{ "PHASTCONS" } = join ",", @{ $scores } if @{ $scores };
  98 #    $record->{ "PHAST_COUNT" } = @{ $scores } if @{ $scores };  # DEBUG
  99
 100     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
 101 }
 102
 103 close $fh_phastcons if $fh_phastcons;
 104
 105 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
 106 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
 107
 108
 109 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 110
 111
 112 BEGIN
 113 {
 114     Maasha::Biopieces::status_set();
 115 }
 116
 117
 118 END
 119 {
 120     Maasha::Biopieces::status_log();
 121 }
 122
 123
 124 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 125
 126
 127 __END__