bp_bin/get_genome_align

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Extract alignments from a multiple genome alignment.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Maasha::Biopieces;
  32 use Maasha::Common;
  33 use Maasha::UCSC;
  34
  35
  36 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  37
  38
  39 my ( $options, $in, $out, $record, $tmp_dir, $maf_track, $align, $align_num, $beg, $end, $len, $entry );
  40
  41 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  42     [
  43         { long => 'genome', short => 'g', type => 'genome', mandatory => 'yes', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  44         { long => 'chr',    short => 'c', type => 'string', mandatory => 'no',  default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  45         { long => 'beg',    short => 'b', type => 'uint',   mandatory => 'no',  default => undef, allowed => undef, disallowed => 0     },
  46         { long => 'end',    short => 'e', type => 'uint',   mandatory => 'no',  default => undef, allowed => undef, disallowed => 0     },
  47         { long => 'len',    short => 'l', type => 'uint',   mandatory => 'no',  default => undef, allowed => undef, disallowed => 0     },
  48         { long => 'strand', short => 's', type => 'string', mandatory => 'no',  default => '+',   allowed => '+,-', disallowed => undef },
  49     ]
  50 );
  51
  52 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  53 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  54
  55 $tmp_dir = Maasha::Biopieces::get_tmpdir();
  56
  57 $align_num = 1;
  58
  59 $maf_track = maf_track( $options->{ "genome" } );
  60
  61 if ( $options->{ "chr" } and $options->{ "beg" } and ( $options->{ "end" } or $options->{ "len" } ) )
  62 {
  63     $beg = $options->{ "beg" } - 1;
  64
  65     if ( $options->{ "end" } ) {
  66         $end = $options->{ "end" };
  67     } elsif ( $options->{ "len" } ) {
  68         $end = $beg + $options->{ "len" };
  69     }
  70
  71     $align = Maasha::UCSC::maf_extract( $tmp_dir, $options->{ "genome" }, $maf_track, $options->{ "chr" }, $beg, $end, $options->{ "strand" } );
  72
  73     foreach $entry ( @{ $align } )
  74     {
  75         $entry->{ "CHR" }     = $record->{ "CHR" };
  76         $entry->{ "CHR_BEG" } = $record->{ "CHR_BEG" };
  77         $entry->{ "CHR_END" } = $record->{ "CHR_END" };
  78         $entry->{ "STRAND" }  = $record->{ "STRAND" } || '+';
  79         $entry->{ "Q_ID" }    = $record->{ "Q_ID" };
  80         $entry->{ "SCORE" }   = $record->{ "SCORE" };
  81
  82         Maasha::Biopieces::put_record( $entry, $out );
  83     }
  84 }
  85
  86 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  87 {
  88     if ( $record->{ "REC_TYPE" } eq "BED" )
  89     {
  90         $align = Maasha::UCSC::maf_extract( $tmp_dir, $options->{ "genome" }, $maf_track, $record->{ "CHR" }, $record->{ "CHR_BEG" }, $record->{ "CHR_END" }, $record->{ "STRAND" } );
  91     }
  92     elsif ( $record->{ "REC_TYPE" } eq "VMATCH" )
  93     {
  94         $align = Maasha::UCSC::maf_extract( $tmp_dir, $options->{ "genome" }, $maf_track, $record->{ "S_ID" }, $record->{ "S_BEG" }, $record->{ "S_END" } + 1, $record->{ "STRAND" } );
  95     }
  96     elsif ( $record->{ "REC_TYPE" } eq "PSL" )
  97     {
  98         $align = Maasha::UCSC::maf_extract( $tmp_dir, $options->{ "genome" }, $maf_track, $record->{ "S_ID" }, $record->{ "S_BEG" }, $record->{ "S_END" }, $record->{ "STRAND" } );
  99     }
 100     elsif ( $record->{ "REC_TYPE" } eq "BLAST" )
 101     {
 102         $align = Maasha::UCSC::maf_extract( $tmp_dir, $options->{ "genome" }, $maf_track, $record->{ "S_ID" }, $record->{ "S_BEG" }, $record->{ "S_END" }, $record->{ "STRAND" } );
 103     }
 104
 105     foreach $entry ( @{ $align } )
 106     {
 107         $entry->{ "CHR" }     = $record->{ "CHR" };
 108         $entry->{ "CHR_BEG" } = $record->{ "CHR_BEG" };
 109         $entry->{ "CHR_END" } = $record->{ "CHR_END" };
 110         $entry->{ "STRAND" }  = $record->{ "STRAND" };
 111         $entry->{ "Q_ID" }    = $record->{ "Q_ID" };
 112         $entry->{ "SCORE" }   = $record->{ "SCORE" };
 113
 114         Maasha::Biopieces::put_record( $entry, $out );
 115     }
 116
 117     $align_num++;
 118 }
 119
 120 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
 121 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
 122
 123
 124 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> SUBROUTINES <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 125
 126
 127 sub maf_track
 128 {
 129     # Martin A. Hansen, April 2008.
 130
 131     # Given a genome returns the corresponding mafTrack database table name.
 132
 133     my ( $genome,   # genome to lookup.
 134        ) = @_;
 135
 136     # Returns a string.
 137
 138     my ( %hash );
 139
 140     # The below has should be in a config file - fix later.
 141
 142     %hash = (
 143         danRer4 => 'multiz7way',
 144         dm2     => 'multiz15way',
 145         dm3     => 'multiz15way',
 146         fr2     => 'multiz7way',
 147         galGal3 => 'multiz7way',
 148         gasAcu1 => 'multiz7way',
 149         hg18    => 'multiz17way',
 150         mm8     => 'multiz17way',
 151         mm9     => 'multiz17way',
 152         oryLat1 => 'multiz7way',
 153         panTro2 => 'multiz17way',
 154         tetNig1 => 'multiz7way',
 155     );
 156
 157     Maasha::Common::error( qw(multiz track not found) ) if not exists $hash{ $genome };
 158
 159     return $hash{ $genome };
 160 }
 161
 162
 163 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 164
 165
 166 BEGIN
 167 {
 168     Maasha::Biopieces::status_set();
 169 }
 170
 171
 172 END
 173 {
 174     Maasha::Biopieces::status_log();
 175 }
 176
 177
 178 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 179
 180
 181 __END__