bp_bin/get_embl_entry

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Get an EMBL entry from the MySQL database and flatfiles.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Data::Dumper;
  32 use Maasha::SQL;
  33 use Maasha::Biopieces;
  34 use Maasha::Filesys;
  35 use Maasha::EMBL;
  36
  37
  38 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  39
  40
  41 my ( $options, $user, $password, $database, $table, $dbh, $in, $out, $record, $entry, @ids, $id, $file, $offset, $len, $results, $result, $fh, %fh_hash );
  42
  43 $user     = Maasha::Biopieces::biopiecesrc( "MYSQL_USER" );
  44 $password = Maasha::Biopieces::biopiecesrc( "MYSQL_PASSWORD" );
  45 $database = Maasha::Biopieces::biopiecesrc( "EMBL_DATABASE" );
  46 $table    = Maasha::Biopieces::biopiecesrc( "EMBL_TABLE" );
  47
  48 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  49     [
  50         { long => 'user',       short => 'u', type => 'string', mandatory => 'no', default => $user,     allowed => undef, disallowed => undef },
  51         { long => 'password',   short => 'p', type => 'string', mandatory => 'no', default => $password, allowed => undef, disallowed => undef },
  52         { long => 'database',   short => 'd', type => 'string', mandatory => 'no', default => $database, allowed => undef, disallowed => undef },
  53         { long => 'table',      short => 't', type => 'string', mandatory => 'no', default => $table,    allowed => undef, disallowed => undef },
  54         { long => 'ids',        short => 'i', type => 'list',   mandatory => 'no', default => undef,     allowed => undef, disallowed => undef },
  55         { long => 'keys',       short => 'k', type => 'list',   mandatory => 'no', default => undef,     allowed => undef, disallowed => undef },
  56         { long => 'features',   short => 'f', type => 'list',   mandatory => 'no', default => undef,     allowed => undef, disallowed => undef },
  57         { long => 'qualifiers', short => 'q', type => 'list',   mandatory => 'no', default => undef,     allowed => undef, disallowed => undef },
  58     ]
  59 );
  60
  61 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  62 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  63
  64 if ( not Maasha::SQL::database_exists( $options->{ 'database' }, $options->{ 'user' }, $options->{ 'password' } ) ) {
  65     Maasha::Common::error( qq(Database "$options->{ 'database' }" don't exists) );
  66 }
  67
  68 $dbh = Maasha::SQL::connect( $options->{ 'database' }, $options->{ 'user' }, $options->{ 'password' } );
  69
  70 if ( not Maasha::SQL::table_exists( $dbh, $options->{ 'table' } ) ) {
  71     Maasha::Common::error( qq(Table "$options->{ 'table' }" don't exists) );
  72 }
  73
  74 @ids = @{ $options->{ 'ids' } } if defined $options->{ 'ids' };
  75
  76 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  77 {
  78     push @ids, $record->{ 'ID' } if exists $record->{ 'ID' };
  79
  80     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  81 }
  82
  83 foreach $id ( @ids )
  84 {
  85     $results = Maasha::SQL::query_array( $dbh, qq(SELECT FILE,OFFSET,LEN from $options->{ 'table' } WHERE ID="$id") );
  86
  87     foreach $result ( @{ $results } )
  88     {
  89         ( $file, $offset, $len ) =  @{ $result };
  90
  91         if ( not exists $fh_hash{ $file } )
  92         {
  93             $fh = Maasha::Filesys::file_read_open( $file );
  94
  95             $fh_hash{ $file } = $fh;
  96         }
  97
  98         $entry = Maasha::Filesys::file_read( $fh_hash{ $file }, $offset, $len );
  99
 100         map { Maasha::Biopieces::put_record( $_, $out ) } Maasha::EMBL::embl2biopieces( $entry, $options );
 101     }
 102 }
 103
 104 map { close $fh_hash{ $_ } } keys %fh_hash;
 105
 106 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
 107 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
 108
 109
 110 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 111
 112
 113 BEGIN
 114 {
 115     Maasha::Biopieces::status_set();
 116 }
 117
 118
 119 END
 120 {
 121     Maasha::SQL::disconnect( $dbh ) if $dbh;
 122     Maasha::Biopieces::status_log();
 123 }
 124
 125
 126 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 127
 128
 129 __END__