bp_bin/flip_tab

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Flip table records so rows becomes columns and visa versa.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Maasha::Biopieces;
  32 use Maasha::Matrix;
  33
  34
  35 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  36
  37
  38 my ( $options, $in, $out, $record, $key, $A, $B, @rows, @matrix, $row, $i );
  39
  40 $options = Maasha::Biopieces::parse_options();
  41
  42 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  43 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  44
  45 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  46 {
  47     undef @rows;
  48
  49     foreach $key ( sort { $A = $a; $B = $b; $A =~ s/^V(\d+)$/$1/; $B =~ s/^V(\d+)$/$1/; $A <=> $B } keys %{ $record } )
  50     {
  51         push @rows, $record->{ $key };
  52
  53     }
  54
  55     push @matrix, [ @rows ];
  56 }
  57
  58 undef $record;
  59
  60 @matrix = Maasha::Matrix::matrix_flip( \@matrix );
  61
  62 foreach $row ( @matrix )
  63 {
  64     for ( $i = 0; $i < @{ $row }; $i++ ) {
  65         $record->{ "V$i" } = $row->[ $i ];
  66     }
  67
  68     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  69 }
  70
  71 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  72 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  73
  74
  75 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  76
  77
  78 BEGIN
  79 {
  80     Maasha::Biopieces::status_set();
  81 }
  82
  83
  84 END
  85 {
  86     Maasha::Biopieces::status_log();
  87 }
  88
  89
  90 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  91
  92
  93 __END__